当前解析结果
SmilChr05G004335| 统一新 Gene ID | SmilChr05G004335 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G004335 |
| 描述 | mitotic spindle checkpoint protein MAD2 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 57028778 - 57030549 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131025386 |
|---|---|
| GeneID | 131025386 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131025386 |
| 原始查询 | SmilChr05G004335 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | mitotic spindle checkpoint protein MAD2 |
| 产物 | mitotic spindle checkpoint protein MAD2 |
| Arabidopsis | AT3G25980 (MAD2)DNA-binding HORMA family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822195] identity=86.5; qcov=1; evalue=2.09e-136; confidence=high |
| Rice | Os04g0486500 (MAD2)- identity=86.5; qcov=1; evalue=3.81e-135; confidence=high |
| GO | GO:0000776 (kinetochore); GO:0005654 (nucleoplasm); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0007094 (mitotic spindle assembly checkpoint signaling) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02301 (HORMA) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131025386 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057811103.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057811103.1 |
| 3 | Nucleoplasm | 核质 | 0.60000 | XP_057811103.1 |
| 4 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057811103.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.20000 | XP_057811103.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:57029989 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B77 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057811103.1PF02301
HORMA 16-191 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057811103.1 |
Pfam | PF02301 |
HORMA | Domain | 16 | 191 | 1.7e-22 | 80.7 | HORMA domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。