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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G004343

染色体: Chr05 坐标: 57069019-57072858 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G004343
名称SmilChr05G004343
描述cyclin-dependent kinase G-2-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向57069019 - 57072858 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025394
GeneID131025394
locus_tag-
NCBI NameLOC131025394
原始查询SmilChr05G004343

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cyclin-dependent kinase G-2-like
产物cyclin-dependent kinase G-2-like
ArabidopsisAT1G67580 (AT1G67580)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843079]
identity=60.3; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0488000 (CDKG)
-
identity=56.2; qcov=0.968; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004693 (cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0007346 (regulation of mitotic cell cycle)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025394

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811113.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057811114.1
3 Nuclear speckle 核斑点 0.60000 XP_057811113.1
4 Nuclear body 核内小体 0.40000 XP_057811114.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811113.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:57069655 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:57069702 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B71,C62
Chr5:57069875 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr5:57069904 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr5:57070009 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr5:57070506 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,B63,B83,C40
Chr5:57070855 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr5:57070879 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D5
Chr5:57071026 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B19,C10,C63
Chr5:57071029 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr5:57071115 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C21
Chr5:57072048 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811113.1
750 aa
N
1
375
750
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 403-694 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 406-601 aa
XP_057811114.1
728 aa
N
1
364
728
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 381-672 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 384-579 aa
XP_057811115.1
728 aa
N
1
364
728
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 381-672 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 384-579 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811113.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 403 694 5.2e-73 246.4 Protein kinase domain
XP_057811113.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 406 601 8.8e-34 117.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057811114.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 381 672 4.8e-73 246.5 Protein kinase domain
XP_057811114.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 384 579 8.4e-34 117.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057811115.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 381 672 4.8e-73 246.5 Protein kinase domain
XP_057811115.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 384 579 8.4e-34 117.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XR_009102161.1
ACAATAATTAGACTCTCTTTCAACGCGGAGGCGACTCACTCTCTCGTTTCTATATTTGGCTGTTTCTCCGCCGCCCCCAGAGTTCATCGCAAGAGAATCCCACCGAGCGCCGCCGCAAGCTTCGCCTCGCTGCTCTTCGCTCCGATTAAATTGATCGGTAAGTCTCTGATTTTGGCCGTGGAGAGTGGGCGGACTGAGGAAGATTCGTAGCGTTTGTATTTCTAGGGTTTTCTGTTTCGTTCGGCAATTCTCGCTGGACA...
XR_009102162.1
AATAATTAGACTCTCTTTCAACGCGGAGGCGACTCACTCTCTCGTTTCTATATTTGGCTGTTTCTCCGCCGCCCCCAGAGTTCATCGCAAGAGAATCCCACCGAGCGCCGCCGCAAGCTTCGCCTCGCTGCTCTTCGCTCCGATTAAATTGATCGAGAAAATGAATATAGGGACTGCGAGGCTGAAGTTGAGATGTCGAAGAAGGAAAATGGGTATAGAAGAGGGGATTATGAACGGGTTAGGAATGGAGCTCGGGACTA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131025394
ATGGCTGCTGGAAAACATGGTGGTTACAGAGAAAATGAATATAGGGACTGCGAGGCTGAAGTTGAGATGTCGAAGAAGGAAAATGGGTATAGAAGAGGGGATTATGAACGGGTTAGGAATGGAGCTCGGGACTATGAGAGGGGTCAGCTACAGGCTCGGGGTAGAGCTAGCCTGGAAGATAAGGGCAAGGTCAGACAGAAGGATGCCAAAGAAAGGGACGTCATGAATGGTGGATACCACTCTACTTCTAGTCGAAGTGA...
LOC131025394
ATGTCGAAGAAGGAAAATGGGTATAGAAGAGGGGATTATGAACGGGTTAGGAATGGAGCTCGGGACTATGAGAGGGGTCAGCTACAGGCTCGGGGTAGAGCTAGCCTGGAAGATAAGGGCAAGGTCAGACAGAAGGATGCCAAAGAAAGGGACGTCATGAATGGTGGATACCACTCTACTTCTAGTCGAAGTGATTCTGGAAGTAGTGGTGGTGGCCCAAGGAAATGCGAGCCTGCAATACTTTCTGTGGATCGAGAGCC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057811113.1
MAAGKHGGYRENEYRDCEAEVEMSKKENGYRRGDYERVRNGARDYERGQLQARGRASLEDKGKVRQKDAKERDVMNGGYHSTSSRSDSGSSGGGPRKCEPAILSVDREPGELYSDGSDEAVDSGIQASRETDSKNMETSNQLSPLHTRKRKFSPIIWDRDDREARRAVKSKGNLDTTPISQSPQVVKSHHQSPQPKPSAHEKASATGDGETNDGEINLEESPSNVDLRCGTAEVPAETYSLQPEGDQRVNNLEMGEVDED...
XP_057811114.1
MSKKENGYRRGDYERVRNGARDYERGQLQARGRASLEDKGKVRQKDAKERDVMNGGYHSTSSRSDSGSSGGGPRKCEPAILSVDREPGELYSDGSDEAVDSGIQASRETDSKNMETSNQLSPLHTRKRKFSPIIWDRDDREARRAVKSKGNLDTTPISQSPQVVKSHHQSPQPKPSAHEKASATGDGETNDGEINLEESPSNVDLRCGTAEVPAETYSLQPEGDQRVNNLEMGEVDEDDYAPTRTIVSSRWASDAESPAD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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