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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G004344

染色体: Chr05 坐标: 57074314-57078228 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G004344
名称SmilChr05G004344
描述uncharacterized SmilChr05G004344
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向57074314 - 57078228 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025395
GeneID131025395
locus_tag-
NCBI NameLOC131025395
原始查询SmilChr05G004344

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc finger CONSTANS-like protein (DUF3537) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843078]; symbol=AT1G67570; hit=AT1G67570; species=arabidopsis; confidence=high
产物zinc finger CONSTANS-like protein (DUF3537) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843078]; symbol=AT1G67570; hit=AT1G67570; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G67570 (AT1G67570)
zinc finger CONSTANS-like protein (DUF3537) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843078]
identity=57.1; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0128200
-
identity=49.2; qcov=1; evalue=2.26e-126; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF12056 (DUF3537)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025395

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 1.00000 XP_057811117.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 1.00000 XP_057811117.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811117.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811117.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811117.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:57074783 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B111,B132,C56,D11
Chr5:57074828 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132
Chr5:57074879 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B5
Chr5:57075680 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B138
Chr5:57076176 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,B63,B83,C40
Chr5:57076212 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B71,C62
Chr5:57076334 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr5:57076371 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,B63,B83,C40
Chr5:57077353 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr5:57077457 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,B63,B83,C40
Chr5:57077518 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811117.1
449 aa
N
1
224
449
DUF3537
C
PF12056 DUF3537 49-433 aa
XP_057811118.1
449 aa
N
1
224
449
DUF3537
C
PF12056 DUF3537 49-433 aa
XP_057811119.1
449 aa
N
1
224
449
DUF3537
C
PF12056 DUF3537 49-433 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811117.1 Pfam PF12056 DUF3537 Family 49 433 3.8e-145 484.3 Protein of unknown function (DUF3537)
XP_057811118.1 Pfam PF12056 DUF3537 Family 49 433 3.8e-145 484.3 Protein of unknown function (DUF3537)
XP_057811119.1 Pfam PF12056 DUF3537 Family 49 433 3.8e-145 484.3 Protein of unknown function (DUF3537)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XR_009102163.1
TCGTTTTCAATTTCTTAATTCTCTTCCAAAATTTCATGGTTAATTCATCAATTTCGTGAAGCTCTTATGTTATGATGTGGAGTCGTGGACCACCGCCACAGAAAAATGCCCCAAGTCTAACGTCACCTAATTCACTAAAAAATTAGTATAATTTTCTTGCATAATTACAGTAGTTACAGTTGACATCAGCTCCCAAATCCTAACTCAAAAGCCCTCAGCTTCGCAGGGAAAGAATCTCGGCAGCTAGAGCTAGTTGCCTT...
XR_009102164.1
TCGTTTTCAATTTCTTAATTCTCTTCCAAAATTTCATGGTTAATTCATCAATTTCGTGAAGCTCTTATGTTATGATGTGGAGTCGTGGACCACCGCCACAGAAAAATGCCCCAAGTCTAACGTCACCTAATTCACTAAAAAATTAGTATAATTTTCTTGCATAATTACAGTAGTTACAGTTGACATCAGCTCCCAAATCCTAACTCAAAAGCCCTCAGCTTCGCAGGGAAAGAATCTCGGCAGCTAGAGCTAGTTGCCTT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131025395
ATGGCTGAGGCTCATATTCAAATAGAAGTGGAAGATTCGAGAATTCCACATGAAAATGCCCCTCTTCTGAAAAATTGCGACGAAAACCAACAATCAGACCCCCCAGGTGTTCGAGAAAATGAAAAAGAGACTCTTTTGGACAAGACCCTTCAAAGGTTGGATCTTTTCATCACTCTCTTGGGGTTCAACCAGACCTCTGTGTTGAGGTTTCTGGTTTCTTGGGGGGTATTTTTGGTATTTGGGGTTTTGATTCCGGTGGT...
LOC131025395
ATGGCTGAGGCTCATATTCAAATAGAAGTGGAAGATTCGAGAATTCCACATGAAAATGCCCCTCTTCTGAAAAATTGCGACGAAAACCAACAATCAGACCCCCCAGGTGTTCGAGAAAATGAAAAAGAGACTCTTTTGGACAAGACCCTTCAAAGGTTGGATCTTTTCATCACTCTCTTGGGGTTCAACCAGACCTCTGTGTTGAGGTTTCTGGTTTCTTGGGGGGTATTTTTGGTATTTGGGGTTTTGATTCCGGTGGT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057811117.1
MAEAHIQIEVEDSRIPHENAPLLKNCDENQQSDPPGVRENEKETLLDKTLQRLDLFITLLGFNQTSVLRFLVSWGVFLVFGVLIPVVMLELSNCPGCEKGQIKSFEIGIVISQASLAASSMLCFSHNLRKYGVRKFLFVDRYSGYVERFSGQYVQKISDSLRLLVIWVIPCCLLKTAREIIRIMYVHHESQWHSVAILVAFVLSWTYVTAIILSSCVLFHLVCNLQIIHFEDYGKLLERESDVIALLQEHARLRYYLSKI...
XP_057811118.1
MAEAHIQIEVEDSRIPHENAPLLKNCDENQQSDPPGVRENEKETLLDKTLQRLDLFITLLGFNQTSVLRFLVSWGVFLVFGVLIPVVMLELSNCPGCEKGQIKSFEIGIVISQASLAASSMLCFSHNLRKYGVRKFLFVDRYSGYVERFSGQYVQKISDSLRLLVIWVIPCCLLKTAREIIRIMYVHHESQWHSVAILVAFVLSWTYVTAIILSSCVLFHLVCNLQIIHFEDYGKLLERESDVIALLQEHARLRYYLSKI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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