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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G004354

染色体: Chr05 坐标: 57138695-57140750 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G004354
名称SmilChr05G004354
描述OVARIAN TUMOR DOMAIN-containing deubiquitinating enzyme 4-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向57138695 - 57140750 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025405
GeneID131025405
locus_tag-
NCBI NameLOC131025405
原始查询SmilChr05G004354

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述OVARIAN TUMOR DOMAIN-containing deubiquitinating enzyme 4-like
产物OVARIAN TUMOR DOMAIN-containing deubiquitinating enzyme 4-like
ArabidopsisAT3G57810 (AT3G57810)
Cysteine proteinases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824950]
identity=73.5; qcov=0.868; evalue=3.83e-70; confidence=high
RiceOs08g0506000
-
identity=64.2; qcov=0.974; evalue=1.36e-71; confidence=high
GOGO:0004843 (cysteine-type deubiquitinase activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0016579 (protein deubiquitination); GO:0030433 (GO:0030433); GO:0030968 (endoplasmic reticulum unfolded protein response)
KEGG-
PfamPF02338 (OTU)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025405

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057811133.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057811130.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057811135.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811130.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811130.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:57139042 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr5:57139072 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr5:57139384 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,B107
Chr5:57139402 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B46,B91,C45
Chr5:57139416 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B37,C42
Chr5:57139431 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:57139651 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B3,B91
Chr5:57139669 GAC G 2bp_deletion frameshift_variant 4 A9,B24,C2,D8
Chr5:57139669 GAC G 2bp_deletion CDS_variant 4 A9,B24,C2,D8
Chr5:57139675 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr5:57139695 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 22 A1,A15,A20,B103,B109,B110,B119,B26,B58,B66,B69,B76,C12,C19,C21,C34,C41,C46,C50,C59,C70,D2
Chr5:57139783 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811130.1
187 aa
N
1
94
187
OTU
C
PF02338 OTU 8-169 aa
XP_057811131.1
187 aa
N
1
94
187
OTU
C
PF02338 OTU 8-169 aa
XP_057811132.1
187 aa
N
1
94
187
OTU
C
PF02338 OTU 8-169 aa
XP_057811133.1
173 aa
N
1
86
173
OTU
C
PF02338 OTU 29-155 aa
XP_057811134.1
166 aa
N
1
83
166
OTU
C
PF02338 OTU 22-148 aa
XP_057811135.1
152 aa
N
1
76
152
OTU
C
PF02338 OTU 8-134 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811130.1 Pfam PF02338 OTU Domain 8 169 4.1e-22 79.8 OTU-like cysteine protease
XP_057811131.1 Pfam PF02338 OTU Domain 8 169 4.1e-22 79.8 OTU-like cysteine protease
XP_057811132.1 Pfam PF02338 OTU Domain 8 169 4.1e-22 79.8 OTU-like cysteine protease
XP_057811133.1 Pfam PF02338 OTU Domain 29 155 1.7e-25 90.7 OTU-like cysteine protease
XP_057811134.1 Pfam PF02338 OTU Domain 22 148 1.5e-25 90.9 OTU-like cysteine protease
XP_057811135.1 Pfam PF02338 OTU Domain 8 134 1.1e-25 91.3 OTU-like cysteine protease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955151.1
TAAGAATTTGCAAAAATGCCGTGTGGTTTTGATTCTGGGAAATACCCAAAAAAGTTCGACGAATTCTATTTTACTTGTTATGCCATTTCGCTGCTTGAAATCTCAATTTTCCATGCGTAGATCTGACATTTCGCTCGGGATACCGGGTGATGGCAGGTGTCTTTTCCGGTCTGTGGTTCACGGTGCTTGTCTAAGAGCCGGAAAGCCCTCTCCGAATGAAAGTCATGAGAAGGAACTTGCTGACGAGCTTCGAGCAGCTG...
XM_057955150.1
TGGTTTTGATTCTGGGAAATACCCAAAAAAGTTCGACGAATTCTATTTTACTTGTTATGCCATTTCGCTGCTTGAAATCTCAATTTTCCATGCGTAGATCTGACATTTCGCTCGGTAACGATCTTCGGACTATCCGGATACCGGGTGATGGCAGGTGTCTTTTCCGGTCTGTGGTTCACGGTGCTTGTCTAAGAGCCGGAAAGCCCTCTCCGAATGAAAGTCATGAGAAGGAACTTGCTGACGAGCTTCGAGCAGCTGTT...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131025405
ATGCCATTTCGCTGCTTGAAATCTCAATTTTCCATGCGTAGATCTGACATTTCGCTCGGGATACCGGGTGATGGCAGGTGTCTTTTCCGGTCTGTGGTTCACGGTGCTTGTCTAAGAGCCGGAAAGCCCTCTCCGAATGAAAGTCATGAGAAGGAACTTGCTGACGAGCTTCGAGCAGCTGTTGCCGATGAATTTATCAAGAGACGAGCTGATTCTGAATGGTTCGTTGAAGGTGATTTCGACACTTATGTTGCGAAGAT...
LOC131025405
ATGCCATTTCGCTGCTTGAAATCTCAATTTTCCATGCGTAGATCTGACATTTCGCTCGGTAACGATCTTCGGACTATCCGGATACCGGGTGATGGCAGGTGTCTTTTCCGGTCTGTGGTTCACGGTGCTTGTCTAAGAGCCGGAAAGCCCTCTCCGAATGAAAGTCATGAGAAGGAACTTGCTGACGAGCTTCGAGCAGCTGTTGCCGATGAATTTATCAAGAGACGAGCTGATTCTGAATGGTTCGTTGAAGGTGATTT...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057811130.1
MELGSGIPGDGRCLFRSVVHGACLRAGKPSPNESHEKELADELRAAVKKSLLFYVLSVTEGIHEPFVAFCLKRWHPIWFLQVADEFIKRRADSEWFVEGDFDTYVAKMRQPHVWGGEPELLMSSYVLQLPITVHMWDKKKNCLKVIAEYGQEYGKENPIRVLYHGYGHYDALQSPSDGLQTKLSKRW
XP_057811131.1
MELGSGIPGDGRCLFRSVVHGACLRAGKPSPNESHEKELADELRAAVKKSLLFYVLSVTEGIHEPFVAFCLKRWHPIWFLQVADEFIKRRADSEWFVEGDFDTYVAKMRQPHVWGGEPELLMSSYVLQLPITVHMWDKKKNCLKVIAEYGQEYGKENPIRVLYHGYGHYDALQSPSDGLQTKLSKRW

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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