当前解析结果
SmilChr05G004365| 统一新 Gene ID | SmilChr05G004365 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G004365 |
| 描述 | probable arabinosyltransferase ARAD1 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 57196234 - 57199669 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131025415 |
|---|---|
| GeneID | 131025415 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131025415 |
| 原始查询 | SmilChr05G004365 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable arabinosyltransferase ARAD1 |
| 产物 | probable arabinosyltransferase ARAD1 |
| Arabidopsis | AT1G67410 (AT1G67410)Exostosin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843061] identity=56.4; qcov=0.993; evalue=4.89e-177; confidence=high |
| Rice | Os01g0921300 (OJ1485_B09.5)- identity=61.4; qcov=0.897; evalue=7.43e-163; confidence=high |
| GO | GO:0006486 (GO:0006486); GO:0016757 (glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03016 (Exostosin_GT47) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131025415 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057811148.1 |
| 2 | Golgi stack | 高尔基堆 | 0.20000 | XP_057811148.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057811148.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057811148.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057811148.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:57196446 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D9 |
Chr5:57196580 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B5 |
Chr5:57196654 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A23 |
Chr5:57196685 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B129,C32,C68 |
Chr5:57196714 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B46 |
Chr5:57196816 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B4 |
Chr5:57196819 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C18 |
Chr5:57196871 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B89 |
Chr5:57197147 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C34,C78,D11 |
Chr5:57197193 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C15 |
Chr5:57197200 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C25 |
Chr5:57197201 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C56 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057811148.1PF03016
Exostosin_GT47 51-358 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057811148.1 |
Pfam | PF03016 |
Exostosin_GT47 | Domain | 51 | 358 | 8.9e-72 | 242.6 | Exostosin GT47 domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。