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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G004365

染色体: Chr05 坐标: 57196234-57199669 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G004365
名称SmilChr05G004365
描述probable arabinosyltransferase ARAD1
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向57196234 - 57199669 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025415
GeneID131025415
locus_tag-
NCBI NameLOC131025415
原始查询SmilChr05G004365

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable arabinosyltransferase ARAD1
产物probable arabinosyltransferase ARAD1
ArabidopsisAT1G67410 (AT1G67410)
Exostosin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843061]
identity=56.4; qcov=0.993; evalue=4.89e-177; confidence=high
RiceOs01g0921300 (OJ1485_B09.5)
-
identity=61.4; qcov=0.897; evalue=7.43e-163; confidence=high
GOGO:0006486 (GO:0006486); GO:0016757 (glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF03016 (Exostosin_GT47)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025415

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057811148.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057811148.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811148.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811148.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811148.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:57196446 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D9
Chr5:57196580 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B5
Chr5:57196654 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr5:57196685 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B129,C32,C68
Chr5:57196714 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr5:57196816 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr5:57196819 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C18
Chr5:57196871 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B89
Chr5:57197147 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C34,C78,D11
Chr5:57197193 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr5:57197200 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C25
Chr5:57197201 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C56

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811148.1
427 aa
N
1
214
427
Exostosin_GT47
C
PF03016 Exostosin_GT47 51-358 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811148.1 Pfam PF03016 Exostosin_GT47 Domain 51 358 8.9e-72 242.6 Exostosin GT47 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955165.1
ATTTGTATTGTAAGAGAAAGGAAAATGCATGAACGTGAATCTCCGCTTAGTTATTCACACTGCCGTTAAAGTGTAAAGCAAGCAAGCATTTCATCTCATCGATTCCCTCCTAAATCTCAACTCAAATCCCTAAAAGTCTCATTAATCTAGCTGATTTGATCGATCATCTTCCAAAATCCAATCATCGCTCCTCACGGAACAAAAATAAATGCGAAAATCGATCAACAGAACTCTGATCTGCGTGTCGGTATGCATCCCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025415
ATGCGAAAATCGATCAACAGAACTCTGATCTGCGTGTCGGTATGCATCCCGGTGCTCTTCGGCTCAATGCTCCTCGCCGGAACCCTAGATTACAAATCGCAATTGCTCTCCTTCCTCCCCCAGCTCAACAACGCCACCGCCTGCGCCGCGGCCCCCCTCCGCGTCTACATGTACGATCTGCCGCCGCGGTTCAACGTCGGGATGATGAACCCCTCCTTCCCCAACGGAACTCCGGTCACGGCAGAGAACATTCCGGCGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811148.1
MRKSINRTLICVSVCIPVLFGSMLLAGTLDYKSQLLSFLPQLNNATACAAAPLRVYMYDLPPRFNVGMMNPSFPNGTPVTAENIPAWGWNDGLRKQHSVEYWMMASLVHEAGNESEAVRASDPESADVFFVPFFSSLSFNIHVRNMKEPGTVDEQLQFEIVNILRASDYWKRSGGRDHVIPLHHPNALRHHRGSINSSIFIVADFGRIMDITRLAKDVVAPYPHMVESFVKDERDDAYESRPILVFFRGRTKRKDEGKVR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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