Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G004368`

染色体: Chr05 坐标: 57204048-57205646 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G004368`
名称	SmilChr05G004368
描述	REF/SRPP-like protein At1g67360
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	57204048 - 57205646 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025417`
GeneID	`131025417`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025417`
原始查询	`SmilChr05G004368`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	REF/SRPP-like protein At1g67360
产物	REF/SRPP-like protein At1g67360
Arabidopsis	`AT1G67360` (AT1G67360) Rubber elongation factor protein (REF) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843057] identity=44; qcov=0.966; evalue=1.82e-57; confidence=medium
Rice	`Os07g0671800` - identity=36.8; qcov=1; evalue=2.01e-35; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF05755 (REF)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025417

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057811150.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057811150.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057811150.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057811150.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811150.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:57204281`	`GAT`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	166	A10,A11,A13,A16,A18,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A7,A8,B10,B100,B102,B103,B104,B105,B107,B108,B109,B111,B114,B115,B117,B118,B119,B125,B126,B127,B129,B131,B132,B136,B137,B139,B140,B15,B16,B18,B2,B20,B22,B23,B26,B27,B30,B31,B33,B35,B36,B37,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B47,B48,B49,B50,B51,B52,B53,B54,B57,B58,B59,B6,B61,B62,B63,B66,B67,B68,B69,B7,B71,B72,B74,B75,B76,B77,B78,B8,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B94,B97,B98,C1,C10,C11,C13,C17,C19,C23,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C35,C37,C38,C4,C40,C42,C43,C44,C47,C49,C5,C50,C51,C52,C54,C56,C57,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C69,C70,C72,C74,C76,C8,C80,C82,C85,C86,D1,D10,D11,D3,D4,D7,D9
`Chr5:57204284`	`G`	`GCT`	2bp_insertion	frameshift_variant	166	A10,A11,A13,A16,A18,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A7,A8,B10,B100,B102,B103,B104,B105,B107,B108,B109,B111,B114,B115,B117,B118,B119,B125,B126,B127,B129,B131,B132,B136,B137,B139,B140,B15,B16,B18,B2,B20,B22,B23,B26,B27,B30,B31,B33,B35,B36,B37,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B47,B48,B49,B50,B51,B52,B53,B54,B57,B58,B59,B6,B61,B62,B63,B66,B67,B68,B69,B7,B71,B72,B74,B75,B76,B77,B78,B8,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B94,B97,B98,C1,C10,C11,C13,C17,C19,C23,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C35,C37,C38,C4,C40,C42,C43,C44,C47,C49,C5,C50,C51,C52,C54,C56,C57,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C69,C70,C72,C74,C76,C8,C80,C82,C85,C86,D1,D10,D11,D3,D4,D7,D9
`Chr5:57204419`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:57204552`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A5,B58,B66
`Chr5:57204560`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A23,B117,C19
`Chr5:57205092`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B130,B91
`Chr5:57205124`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B115,C6,D1
`Chr5:57205213`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B75
`Chr5:57205226`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B75
`Chr5:57205236`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B75
`Chr5:57205238`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B75
`Chr5:57205309`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811150.1

233 aa

116

233

REF

PF05755 REF 10-210 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811150.1`	Pfam	`PF05755`	REF	Family	10	210	7.7e-70	235.7	Rubber elongation factor protein (REF)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955167.1
CTAACGACAGCCGACGAGCCCCCACACTATACGCCACGTGTCACCACATGCACCATCCATAATTGAATTCCCGAAACTACCCCTGAGATCCCACTCCCTCTCCCATGTATTCCTCTTTCCTCCTTAAACCCCCTTTCACTCCTTAGATTCTAACGCCACCTGATTTCGTTCGATTTCTTCTGCAAAACCTATCAATTTCTTCACAATCACAATTCATCATCTGCTTTCGAGATGATGACGGCCGAGGTTGAGGTGGAGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025417
ATGATGACGGCCGAGGTTGAGGTGGAGAGGAGTGATGTACAGCTGAAGCGCCTCGGATTCGTTAGAGGTCTGGCGATCAACGCCGCCGTTTTGGTCACGGCTCTCTACGGCTACGCCAAGGAGAATTCCGGCCCGCTGAAATCCACCGTCGGGAAGGTCGAGAACGCCGTCACCGCCGTTGTCGGCCCCGTTTTCGAGAGGTTCAAAGGCGTTCCTGGTGATTTCCTCGTTTTTCTCGATAGAAAGGTAGATGAAGCAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811150.1
MMTAEVEVERSDVQLKRLGFVRGLAINAAVLVTALYGYAKENSGPLKSTVGKVENAVTAVVGPVFERFKGVPGDFLVFLDRKVDEASLKFEECAPPTAKGVAIKAQAIAKEASRLLQELVEEAKAEGPIAAISHAGRISKDVAVSGLAVAWYKANQFPALHGVLEIAVPTATHWSEKYNSLVKDLAGKGYTVFCYAPLVPVEEMEKAYKQVEAAANKKTDASSSSASDSEKEE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器