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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G004371

染色体: Chr05 坐标: 57236968-57241312 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G004371
名称SmilChr05G004371
描述octanoyltransferase LIP2, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向57236968 - 57241312 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025420
GeneID131025420
locus_tag-
NCBI NameLOC131025420
原始查询SmilChr05G004371

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述octanoyltransferase LIP2, mitochondrial-like
产物octanoyltransferase LIP2%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT1G04640 (LIP2)
lipoyltransferase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839462]
identity=73; qcov=0.983; evalue=1e-127; confidence=high
RiceOs03g0321800
-
identity=65.2; qcov=0.961; evalue=2.76e-111; confidence=high
GOGO:0005739 (mitochondrion); GO:0009249 (protein lipoylation); GO:0033819 (lipoyl(octanoyl) transferase activity)
KEGGsmil00785 (Lipoic acid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF21948 (LplA-B_cat)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025420

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811153.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057811153.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057811155.1
4 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057811154.1
5 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.20000 XP_057811154.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:57237060 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B103,B107,B130
Chr5:57237078 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B42,B43
Chr5:57237078 C CT 1bp_insertion CDS_variant 2 B42,B43
Chr5:57237133 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B76,D1
Chr5:57237304 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B130,B17
Chr5:57237398 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,C36
Chr5:57237408 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 A23
Chr5:57237408 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr5:57237472 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr5:57237537 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr5:57237588 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C27,C71
Chr5:57237598 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811153.1
423 aa
N
1
212
423
LplA-B_cat
C
PF21948 LplA-B_cat 209-396 aa
XP_057811154.1
275 aa
N
1
138
275
LplA-B_cat
C
PF21948 LplA-B_cat 61-248 aa
XP_057811155.1
257 aa
N
1
128
257
LplA-B_cat
C
PF21948 LplA-B_cat 43-230 aa
XP_057811156.1
230 aa
N
1
115
230
LplA-B_cat
C
PF21948 LplA-B_cat 16-203 aa
XP_057811157.1
230 aa
N
1
115
230
LplA-B_cat
C
PF21948 LplA-B_cat 16-203 aa
XP_057811158.1
230 aa
N
1
115
230
LplA-B_cat
C
PF21948 LplA-B_cat 16-203 aa
XP_057811159.1
230 aa
N
1
115
230
LplA-B_cat
C
PF21948 LplA-B_cat 16-203 aa
XP_057811161.1
230 aa
N
1
115
230
LplA-B_cat
C
PF21948 LplA-B_cat 16-203 aa
XP_057811162.1
230 aa
N
1
115
230
LplA-B_cat
C
PF21948 LplA-B_cat 16-203 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811153.1 Pfam PF21948 LplA-B_cat Domain 209 396 9.6e-45 153.7 Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain
XP_057811154.1 Pfam PF21948 LplA-B_cat Domain 61 248 2.2e-45 155.8 Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain
XP_057811155.1 Pfam PF21948 LplA-B_cat Domain 43 230 3.2e-45 155.2 Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain
XP_057811156.1 Pfam PF21948 LplA-B_cat Domain 16 203 8.3e-45 153.9 Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain
XP_057811157.1 Pfam PF21948 LplA-B_cat Domain 16 203 8.3e-45 153.9 Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain
XP_057811158.1 Pfam PF21948 LplA-B_cat Domain 16 203 8.3e-45 153.9 Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain
XP_057811159.1 Pfam PF21948 LplA-B_cat Domain 16 203 8.3e-45 153.9 Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain
XP_057811161.1 Pfam PF21948 LplA-B_cat Domain 16 203 8.3e-45 153.9 Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain
XP_057811162.1 Pfam PF21948 LplA-B_cat Domain 16 203 8.3e-45 153.9 Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

9 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955170.1
CTTTCTTCTTTCCCGTGAAACATCCATCAGTTTTTAATTTCATATCAGCAAAAATACTCACTGAAATTCATTATCGCCGCTGCGCCATCGTCGTCGCCGAGCCTCTGCTGCGCCGCCGACAACCTGCTCGCCGCTGCGCCTTCTGCCCAGACCTTAGGGCATCGATTTTGCTCGTCTTTGCTGCAACATGTGGTCTCGCCCCAATCGTAGAAGCCAACGTTTTTATTGAAGTAGCTGAACAAGGGGAGTCGAATTTCTAA...
XM_057955178.1
TCTTTCCCGTGAAACATCCATCAGTTTTTAATTTCATATCAGCAAAAATACTCACTGAAATTCATTATCGCCGCTGCGCCATCGTCGTCGCCGAGCCTCTGCTGCGCCGCCGACAACCTGCTCGCCGCTGCGCCTTCTGCCCAGACCTTAGGGCATCGATTTTGCTCGTCTTTGCTGCAACATGTGGTCTCGCCCCAATCGTAGAAGCCAACGTTTTTATTGAAGTAGCTGAACAAGGGGAGTCGAATTTCTAAATAACA...

CDS

9 records

下载 CDS FASTA
LOC131025420
ATGAAAGGTTATACAAATTGGACTGCACATGGGGAGGGAACTTCGTTTAATCCCACTACTTCTCAAGAAGAAGATTCTTTTGTTATGTCAGACGACATGCATGATTTGATTTATGATGCATTTGGGGGCAATAATATAGATGAAAATATAATAGATGAACCGAATGAACAAGCTAAGGCTTTCTTTAAGTTGATAGATGATGCTCAACATGAACTATATCCGGGGTGCAAGCAATTTTCAAAGTTAAAGTTCATCATTAG...
LOC131025420
ATGAGATATGTTGAAACTGAAACAAATTCATCAAGTGAGGATGATTTGTCTTTAAAGCGCAAAAAAGTGTCAGCAAAGGAAATGAGAGGTCCTAGAAGCATTGAGATATGGAAGATGGGAGCTGTGAATTATTTGGAGGCACTTAAGCTGCAAGAGAAATTGACATCTGATAGAAAAACACACAAGATCAAAGACACCCTGCTGTCCCTACAGCATCCACCCACATTTACTCTTGGCAAAAGGCGCACTGTTCATAACGT...

Protein

9 records

下载 Protein FASTA
XP_057811153.1
MKGYTNWTAHGEGTSFNPTTSQEEDSFVMSDDMHDLIYDAFGGNNIDENIIDEPNEQAKAFFKLIDDAQHELYPGCKQFSKLKFIIRLFHLKVIGKWSNKSFTMLLELLKEVFPDLTQSLPTSFYEVRKIIGELGLSYAKIDACPNDCMLYWKEHENDTLCRVCNTPRYVETETNSSSEDDLSLKRKKVSAKEMRGPRSIEIWKMGAVNYLEALKLQEKLTSDRKTHKIKDTLLSLQHPPTFTLGKRRTVHNVLVSEAEL...
XP_057811154.1
MLYWKEHENDTLCRVCNTPRYVETETNSSSEDDLSLKRKKVSAKEMRGPRSIEIWKMGAVNYLEALKLQEKLTSDRKTHKIKDTLLSLQHPPTFTLGKRRTVHNVLVSEAELKAMGAELHYTERGGDVTFHGPHQAVLYPIISLRDIRIGARKYVENLESTMIELASLYGVKARAGHTGETGVWVGHRKIGAIGVRISSGITSHGLAFNIDPDLNYFKHIVPCGIADKEVTSLQKEVGKVLPSEQVIHEQLISSFVKVFG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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