Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G004378

染色体: Chr05 坐标: 57288794-57290336 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G004378
名称SmilChr05G004378
描述uncharacterized SmilChr05G004378
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向57288794 - 57290336 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025427
GeneID131025427
locus_tag-
NCBI NameLOC131025427
原始查询SmilChr05G004378

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os11g0637501; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os11g0637501; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT1G27350 (AT1G27350)
Ribosome associated membrane protein RAMP4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839624]
identity=82.3; qcov=1; evalue=2.84e-37; confidence=medium
RiceOs11g0637501
-
identity=83.8; qcov=1; evalue=3.3e-38; confidence=medium
GOGO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0006486 (GO:0006486); GO:0030968 (endoplasmic reticulum unfolded protein response)
KEGG-
PfamPF06624 (RAMP4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025427

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057811180.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.60000 XP_057811180.1
3 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 0.60000 XP_057811180.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811180.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811180.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811180.1
68 aa
N
1
34
68
RAMP4
C
PF06624 RAMP4 5-62 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811180.1 Pfam PF06624 RAMP4 Family 5 62 1.2e-26 93.2 Ribosome associated membrane protein RAMP4

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955197.1
CGGCGAGATTTATATCGTAATCGTGCCAATTGGTTCTGTGGGCGAAATTTTCCGGAGAGGAAAAAGGGAAAACGTTGACAAATAAAGAGATCGGTTTCTGATTACCTCGCCGGAGCTGAATTGCTCTTGTGTTTTGCTGAGTTTTTTTTGTTCGGAGTTTTAACGGATAACCGATCTCACTGTAACAATGACAACTTCAAGGAGGCTTGCTGACAGGAAAGTGGAGAGGTTTGAGAAGAACATAACTAAGCGAGGTGCTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025427
ATGACAACTTCAAGGAGGCTTGCTGACAGGAAAGTGGAGAGGTTTGAGAAGAACATAACTAAGCGAGGTGCTGTCCCAGAGACCACCGCAAAGAAGGCCAACAACTACCCTGTTGGCCCTATCTTGCTTGGGTTTTTCATTTTTGTTGTCATAGGCTCATCACTCTTCCAGATAATCAGGACGGCGACGAGCGGAGGTGTTGCTTAA

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811180.1
MTTSRRLADRKVERFEKNITKRGAVPETTAKKANNYPVGPILLGFFIFVVIGSSLFQIIRTATSGGVA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器