当前解析结果
SmilChr05G004392| 统一新 Gene ID | SmilChr05G004392 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G004392 |
| 描述 | probable WRKY transcription factor 75 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 57363760 - 57364678 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131025439 |
|---|---|
| GeneID | 131025439 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131025439 |
| 原始查询 | SmilChr05G004392 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable WRKY transcription factor 75 |
| 产物 | probable WRKY transcription factor 75 |
| Arabidopsis | AT5G13080 (WRKY75)WRKY DNA-binding protein 75 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831147] identity=84.8; qcov=0.586; evalue=9.53e-58; confidence=medium |
| Rice | Os11g0490900 (OsWRKY72)- identity=83.7; qcov=0.662; evalue=3.39e-63; confidence=high |
| GO | GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03106 (WRKY) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131025439 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057811204.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057811204.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057811204.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057811204.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057811204.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:57364113 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr5:57364137 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B118,C12 |
Chr5:57364399 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr5:57364491 |
GA |
* |
1bp_deletion | CDS_variant | 3 | B140,C38,C48 |
Chr5:57364497 |
G |
GT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 54 | A13,A2,A21,B101,B108,B109,B111,B115,B13,B133,B137,B140,B17,B19,B26,B27,B33,B36,B38,B4,B40,B44,B45,B51,B52,B71,B72,B76,B8,B80,B83,B84,B88,C10,C14,C17,C24,C26,C27,C29,C39,C4,C40,C49,C5,C56,C58,C6,C62,C63,C82,C84,D3,D4 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057811204.1PF03106
WRKY 79-136 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057811204.1 |
Pfam | PF03106 |
WRKY | Domain | 79 | 136 | 2.2e-27 | 95.7 | WRKY DNA -binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。