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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G004392

染色体: Chr05 坐标: 57363760-57364678 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G004392
名称SmilChr05G004392
描述probable WRKY transcription factor 75
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向57363760 - 57364678 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025439
GeneID131025439
locus_tag-
NCBI NameLOC131025439
原始查询SmilChr05G004392

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable WRKY transcription factor 75
产物probable WRKY transcription factor 75
ArabidopsisAT5G13080 (WRKY75)
WRKY DNA-binding protein 75 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831147]
identity=84.8; qcov=0.586; evalue=9.53e-58; confidence=medium
RiceOs11g0490900 (OsWRKY72)
-
identity=83.7; qcov=0.662; evalue=3.39e-63; confidence=high
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding)
KEGG-
PfamPF03106 (WRKY)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025439

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811204.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811204.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811204.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811204.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057811204.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:57364113 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:57364137 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,C12
Chr5:57364399 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:57364491 GA * 1bp_deletion CDS_variant 3 B140,C38,C48
Chr5:57364497 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 54 A13,A2,A21,B101,B108,B109,B111,B115,B13,B133,B137,B140,B17,B19,B26,B27,B33,B36,B38,B4,B40,B44,B45,B51,B52,B71,B72,B76,B8,B80,B83,B84,B88,C10,C14,C17,C24,C26,C27,C29,C39,C4,C40,C49,C5,C56,C58,C6,C62,C63,C82,C84,D3,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811204.1
157 aa
N
1
78
157
WRKY
C
PF03106 WRKY 79-136 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811204.1 Pfam PF03106 WRKY Domain 79 136 2.2e-27 95.7 WRKY DNA -binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955221.1
GAGTTTGCGTGGCGTTTACGACTCTCCCTCTAGACAAAGACATACTATTAAATCATAGCCGCCTTTCAACTTTAATTCATCTTGGCTACCTATACCCATAGTAATTAATACCCTTATGCTTGCACCAATATACCAATTTCCCATTAATATATCTTCTTCTTCTTCTTCAATCAAACAAAAACAATCTCTCTCGACATATATGGAGGATGATCGAAGAATAGTAGATGAATTGGAGTGTTCATCGTCATCGATGATGATGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025439
ATGCTTGCACCAATATACCAATTTCCCATTAATATATCTTCTTCTTCTTCTTCAATCAAACAAAAACAATCTCTCTCGACATATATGGAGGATGATCGAAGAATAGTAGATGAATTGGAGTGTTCATCGTCATCGATGATGATGATGAAATCTGCAGAGAAAAAGGGGTCCATGGAGAAGAAGTCGAGGAAACCTAGGTTTGCTTTTCAGACAAGAAGTCAAGTGGATATACTGGATGATGGTTATAGATGGAGGAAATA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811204.1
MLAPIYQFPINISSSSSSIKQKQSLSTYMEDDRRIVDELECSSSSMMMMKSAEKKGSMEKKSRKPRFAFQTRSQVDILDDGYRWRKYGQKAVKNNTFPRSYYRCTHQGCNVKKQIQRLSKDEGIVVTTYEGMHSHPIQNSTDNFEHILTQMQIYSSF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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