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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000003

染色体: Chr06 坐标: 123891-131701 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000003
名称SmilChr06G000003
描述uncharacterized SmilChr06G000003
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向123891 - 131701 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987542
GeneID130987542
locus_tag-
NCBI NameLOC130987542
原始查询SmilChr06G000003

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述kinase superfamily with octicosapeptide/Phox/Bem1p domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823845]; symbol=AT3G46920; hit=AT3G46920; species=arabidopsis; confidence=weak
产物kinase superfamily with octicosapeptide/Phox/Bem1p domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823845]; symbol=AT3G46920; hit=AT3G46920; species=arabidopsis; confidence=weak
ArabidopsisAT3G46920 (AT3G46920)
kinase superfamily with octicosapeptide/Phox/Bem1p domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823845]
identity=72.5; qcov=0.295; evalue=0; confidence=weak
RiceOs06g0181200
-
identity=63.9; qcov=0.338; evalue=0; confidence=low
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0007165 (signal transduction)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00564 (PB1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987542

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057767078.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057767078.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057767078.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767078.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767078.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:126203 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,A9,B75
Chr6:126302 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B67,B74,C52,C70
Chr6:126312 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C67
Chr6:126583 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C62,D5
Chr6:126683 CTG C 2bp_deletion frameshift_variant 1 C34
Chr6:126683 CTG C 2bp_deletion CDS_variant 1 C34
Chr6:126963 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,B66,B94
Chr6:127294 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C54
Chr6:127848 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B81,C73,C9
Chr6:128235 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,A9,B75
Chr6:128386 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B121,B50,C20,C24,C53
Chr6:129235 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B115

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767078.1
1346 aa
N
1
673
1346
PB1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00564 PB1 154-237 aa PF00069 Pkinase 1066-1325 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 1067-1328 aa
XP_057767079.1
1346 aa
N
1
673
1346
PB1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00564 PB1 154-237 aa PF00069 Pkinase 1066-1325 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 1067-1328 aa
XP_057767080.1
1346 aa
N
1
673
1346
PB1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00564 PB1 154-237 aa PF00069 Pkinase 1066-1325 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 1067-1328 aa
XP_057767081.1
1344 aa
N
1
672
1344
PB1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00564 PB1 154-237 aa PF00069 Pkinase 1064-1323 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 1065-1326 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767078.1 Pfam PF00564 PB1 Domain 154 237 4.4e-15 56.1 PB1 domain
XP_057767078.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 1066 1325 5.9e-44 151.1 Protein kinase domain
XP_057767078.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 1067 1328 4e-59 200.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057767079.1 Pfam PF00564 PB1 Domain 154 237 4.4e-15 56.1 PB1 domain
XP_057767079.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 1066 1325 5.9e-44 151.1 Protein kinase domain
XP_057767079.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 1067 1328 4e-59 200.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057767080.1 Pfam PF00564 PB1 Domain 154 237 4.4e-15 56.1 PB1 domain
XP_057767080.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 1066 1325 5.9e-44 151.1 Protein kinase domain
XP_057767080.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 1067 1328 4e-59 200.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057767081.1 Pfam PF00564 PB1 Domain 154 237 4.4e-15 56.1 PB1 domain
XP_057767081.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 1064 1323 5.9e-44 151.2 Protein kinase domain
XP_057767081.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 1065 1326 4e-59 200.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911095.1
AGAAATGTAATTTCCCCATTGTGCGGTGAGGTTTGGAAGTTGCTCTGCTGTAAATCACAATTCTCGAAGCTAATCCCCAAATTGAAAAAGAGAAATTCATCCTCCTCCTTTCCAAGAGAAGATAGATTTGAGAAGATGTGATCATACCCTACTCCACAAATTAATCAAACAGATGGAATTACCGTTCGAGTTTTCACTCTTCTTCGTTTTCTTATTCACAGAATCATCCATGTAATTTCTTTGTGGTGTTTCCTTTCTGG...
XM_057911098.1
GAAATGTAATTTCCCCATTGTGCGGTGAGGTTTGGAAGTTGCTCTGCTGTAAATCACAATTCTCGAAGCTAATCCCCAAATTGAAAAAGAGAAATTCATCCTCCTCCTTTCCAAGAGAAGATAGATTTGAGAAGATGTGATCATACCCTACTCCACAAATTAATCAAACAGATGGAATTACCGTTCGAGTTTTCACTCTTCTTCGTTTTCTTATTCACAGAATCATCCATGTAATTTCTTTGTGGTGTTTCCTTTCTGGG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130987542
ATGGCCTACGATCAGAACTCAATACCTAAAGATTTGCGTCCACTGAATATAATGAGAACTGTGCCTGAGGATCCCAGGATTTCTCCGGCGACTTCATCTGGGAGGCCGGTTGAAGGATATTATGCTAGCCCGCCAACTGATGGTAGCCCTGGCACCATGCCTGCAGTTTATTACCCTGCCCCAATTCCACCCGTAGCATATAACAATGCTGTCACTGGGGTTGCCGGATGGATACAGCAAATTGTGCCGCCTCCTCAAGT...
LOC130987542
ATGGCCTACGATCAGAACTCAATACCTAAAGATTTGCGTCCACTGAATATAATGAGAACTGTGCCTGAGGATCCCAGGATTTCTCCGGCGACTTCATCTGGGAGGCCGGTTGAAGGATATTATGCTAGCCCGCCAACTGATGGTAGCCCTGGCACCATGCCTGCAGTTTATTACCCTGCCCCAATTCCACCCGTAGCATATAACAATGCTGTCACTGGGGTTGCCGGATGGATACAGCAAATTGTGCCGCCTCCTCAAGT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057767078.1
MAYDQNSIPKDLRPLNIMRTVPEDPRISPATSSGRPVEGYYASPPTDGSPGTMPAVYYPAPIPPVAYNNAVTGVAGWIQQIVPPPQVQQGVVSGTVVNPPGVYTTSPNYGTRNGCSPSDHTSDEGGDDSLSGRKVKFLCSFGGKILPRLSDGALRYVGGQTRIISVGKDVLFSEFVQKMADMYVQNLVIKYQLPDEDLDALVTVSCADDLENMMDEYEKLIERSSDGSAKLRIFLFSPSDLESGGHIGDMQDGGQRYVEA...
XP_057767079.1
MAYDQNSIPKDLRPLNIMRTVPEDPRISPATSSGRPVEGYYASPPTDGSPGTMPAVYYPAPIPPVAYNNAVTGVAGWIQQIVPPPQVQQGVVSGTVVNPPGVYTTSPNYGTRNGCSPSDHTSDEGGDDSLSGRKVKFLCSFGGKILPRLSDGALRYVGGQTRIISVGKDVLFSEFVQKMADMYVQNLVIKYQLPDEDLDALVTVSCADDLENMMDEYEKLIERSSDGSAKLRIFLFSPSDLESGGHIGDMQDGGQRYVEA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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