当前解析结果
SmilChr06G000008| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000008 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000008 |
| 描述 | transmembrane 9 superfamily member 11 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 186090 - 188909 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130987545 |
|---|---|
| GeneID | 130987545 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130987545 |
| 原始查询 | SmilChr06G000008 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | transmembrane 9 superfamily member 11 |
| 产物 | transmembrane 9 superfamily member 11 |
| Arabidopsis | AT5G35160 (AT5G35160)Endomembrane protein 70 protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833470] identity=84.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os02g0797700- identity=82.8; qcov=0.974; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0016020 (membrane); GO:0072657 (protein localization to membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02990 (EMP70) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130987545 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057767085.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.40000 | XP_057767085.1 |
| 3 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.40000 | XP_057767085.1 |
| 4 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057767085.1 |
| 5 | Trans-golgi network | Trans-golgi network | 0.20000 | XP_057767085.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:186293 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B132 |
Chr6:186416 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A24,A7 |
Chr6:186817 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A20,A4,B105,C28,C37 |
Chr6:186932 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | D10,D2 |
Chr6:187307 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | D10,D2 |
Chr6:187715 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A24,A7 |
Chr6:187805 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B82 |
Chr6:187958 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A25,B3,B52 |
Chr6:188045 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B67 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057767085.1PF02990
EMP70 56-611 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057767085.1 |
Pfam | PF02990 |
EMP70 | Family | 56 | 611 | 7.3e-184 | 612.9 | Endomembrane protein 70 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。