当前解析结果
SmilChr06G000011| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000011 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000011 |
| 描述 | protein ENHANCED DISEASE RESISTANCE 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 198968 - 211177 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130987547 |
|---|---|
| GeneID | 130987547 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130987547 |
| 原始查询 | SmilChr06G000011 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein ENHANCED DISEASE RESISTANCE 2-like |
| 产物 | protein ENHANCED DISEASE RESISTANCE 2-like |
| Arabidopsis | AT5G35180 (AT5G35180)ENHANCED DISEASE RESISTANCE protein (DUF1336) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833472] identity=66.9; qcov=0.943; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os08g0439100- identity=64; qcov=0.932; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0008289 (lipid binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01852 (START); PF07059 (EDR2_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130987547 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057767088.1 |
| 2 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.40000 | XP_057767088.1 |
| 3 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057767088.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057767088.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057767088.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:199272 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B6,C67 |
Chr6:199319 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr6:199384 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C45,D10 |
Chr6:199438 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B108,C23 |
Chr6:199457 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr6:199471 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B95 |
Chr6:199499 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A24,B95 |
Chr6:199500 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | D10 |
Chr6:199500 |
CG |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr6:199507 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr6:199510 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr6:200686 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C6 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057767088.1PF01852
START 260-402 aa
PF07059
EDR2_C 552-757 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057767088.1 |
Pfam | PF01852 |
START | Domain | 260 | 402 | 1.3e-11 | 45.0 | START domain |
XP_057767088.1 |
Pfam | PF07059 |
EDR2_C | Domain | 552 | 757 | 1.1e-74 | 251.6 | Protein ENHANCED DISEASE RESISTANCE 2, C-terminal |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。