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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000016

染色体: Chr06 坐标: 242648-246420 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000016
名称SmilChr06G000016
描述probable hexosyltransferase MUCI70
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向242648 - 246420 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987559
GeneID130987559
locus_tag-
NCBI NameLOC130987559
原始查询SmilChr06G000016

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable hexosyltransferase MUCI70
产物probable hexosyltransferase MUCI70
ArabidopsisAT4G38500 (AT4G38500)
Sept9 (DUF616) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830007]
identity=68; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0724300
-
identity=67; qcov=0.925; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF04765 (TOD1_MUCI70)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987559

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057767119.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057767119.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767119.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767119.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767119.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:243177 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A24
Chr6:244768 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B110,B22,C61,C75,D11
Chr6:244835 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr6:246063 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B99
Chr6:246063 GT G 1bp_deletion CDS_variant 1 B99

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767119.1
508 aa
N
1
254
508
TOD1_MUCI70
C
PF04765 TOD1_MUCI70 158-453 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767119.1 Pfam PF04765 TOD1_MUCI70 Domain 158 453 4.2e-128 427.8 TOD1/MUCI70, glycosyltransferase-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911136.1
TGGATCCAAGAAAATAAAGAAACCAACAAATTTACTTGGAAAAATTTACAAAGCAAGTAAAAAGGCTCAAATTAAATCTTCAAGAATCAATGCCTTTCACGAATGTAATGTGGTCGTAATGAGAGCAGATCTAGCAACGCTGCACTTGTACCGTTATACGTTAGCATTTTAAGAAACAATGGAAGCAGTGATCAAAATCAGATCTTTGTGATTCCATCGACTTCGCTCCTCGTTTTGATCGTGTTTTAGTCATTTATGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987559
ATGGAAAATGATTTTGTTCGGTCCGTTTCTTCACGGGCTACCCGAAGAAATCAGCACCAGCAGAGTAAAGATGGTGGAGGATTGTTGTACACTGAGAAATTATCGCCAGAATATACAATGAAGTTTACTTGGAAAAGGGGTTTCATTAGGTTGATTCTGACGGGAGGAATTATTTGGATGCTGATAATTCTCACTGTTTTGTTGTTTCATATTTGGTCTTGCCAATCCTCTGTTGCATTTTTTTCCGCTCTTTGTAACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767119.1
MENDFVRSVSSRATRRNQHQQSKDGGGLLYTEKLSPEYTMKFTWKRGFIRLILTGGIIWMLIILTVLLFHIWSCQSSVAFFSALCNKDSKVYGMLSTMGLVTPPHRCPIPVAGDPNKIVIPKKRSPEKLVRRLSYIMEDSPINDRSQSSPLYRTAINGTQSTPLFGGHQTWKQRDKSFKIKPTMEVHCGFMKGGGEDMSSKDVEYVKKCKFVVATGIFDAYDTPHQPSNISKRSQTLFCFLMVVDEVSLEFIKNNATVRE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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