当前解析结果
SmilChr06G000030| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000030 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000030 |
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 89B2 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 298793 - 301789 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130987573 |
|---|---|
| GeneID | 130987573 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130987573 |
| 原始查询 | SmilChr06G000030 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 89B2 |
| 产物 | UDP-glycosyltransferase 89B2 |
| Arabidopsis | AT1G73880 (UGT89B1)UDP-glucosyl transferase 89B1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843725] identity=51.3; qcov=0.998; evalue=1.38e-168; confidence=high |
| Rice | Os06g0282000- identity=43.5; qcov=1.01; evalue=2.64e-114; confidence=medium |
| GO | GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00201 (UDPGT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130987573 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057767136.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057767136.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057767136.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057767136.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057767136.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:299001 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C15 |
Chr6:299073 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr6:299208 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B2,C41 |
Chr6:299301 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | A14 |
Chr6:299301 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | A14 |
Chr6:299336 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A15,B140,B50 |
Chr6:299349 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B138,C36 |
Chr6:299612 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A15,B140,B50 |
Chr6:299655 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B73 |
Chr6:299739 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr6:299784 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr6:299935 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B20 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057767136.1PF00201
UDPGT 274-405 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057767136.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 274 | 405 | 3.1e-18 | 66.6 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。