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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000031

染色体: Chr06 坐标: 300999-301995 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000031
名称SmilChr06G000031
描述temperature-induced lipocalin-1
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向300999 - 301995 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987575
GeneID130987575
locus_tag-
NCBI NameLOC130987575
原始查询SmilChr06G000031

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述temperature-induced lipocalin-1
产物temperature-induced lipocalin-1
ArabidopsisAT5G58070 (TIL)
temperature-induced lipocalin [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835919]
identity=80.2; qcov=0.984; evalue=1.53e-112; confidence=high
RiceOs08g0440100
-
identity=72.2; qcov=0.973; evalue=1.09e-98; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00061 (Lipocalin); PF08212 (Lipocalin_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987575

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 0.80000 XP_057767139.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057767139.1
3 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057767139.1
4 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.20000 XP_057767139.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767139.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:301186 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B109,C78
Chr6:301444 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr6:301659 GGA G 2bp_deletion frameshift_variant 6 B125,B90,B92,B99,C71,C87
Chr6:301662 A ATT 2bp_insertion frameshift_variant 6 B125,B90,B92,B99,C71,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767139.1
185 aa
N
1
92
185
Lipocalin_2
Lipocalin
C
PF08212 Lipocalin_2 12-158 aa PF00061 Lipocalin 18-161 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767139.1 Pfam PF08212 Lipocalin_2 Domain 12 158 9e-56 188.6 Lipocalin-like domain
XP_057767139.1 Pfam PF00061 Lipocalin Domain 18 161 2e-08 35.3 Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911156.1
ATCCCCAATAATTCAAATTGCTCAAAAATTGAATTTAGTTAAAATTTGGAAAATGAAACAAAATAGTCTAGTAGGTCCTCAAATATTCTGGCATTTTCAAGAAGGTTAAACCGAGTAGACGCGTAAGGCTCTCAAGAGGCCACGTCGTCTCCCCCAAAAACCCAATCCCCAAAATATATATACATACATCCCTTGCCCTAGAAAATACAGAGCAAAGAAATATCAGAAAAAGAGAGAGAAGCAATGGCGACGAAAGAGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987575
ATGGCGACGAAAGAGATGGAAGTAGTGAGGAATTTGGACGTCGAGAGATACATGGGGACATGGTACGAGATCGCTTCCTTCCCGTCGAGATTCCAGCCGAAGAGCGGCGTCGACACACGCGCCACCTACACTCTCAATCCCGACGGCACGGTGAACGTGCTGAACGAGACGTGGAGCGATGGGAAGAGGGGTTCCATCGAAGGAACTGCGTACAAAGCCGATCCCAAGAGCGACGAGGCGAAGCTCAAAGTCAAATTCTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767139.1
MATKEMEVVRNLDVERYMGTWYEIASFPSRFQPKSGVDTRATYTLNPDGTVNVLNETWSDGKRGSIEGTAYKADPKSDEAKLKVKFYVPPFLPIIPITGDYWVLYIDDEYQYAVIGQPSRSYLWILSRQAHIDEDVYNRLVEKAKEQGYDVSKLHKTPHSDSPPEADTSPKDTKGLWWIKSIFGK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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