当前解析结果
SmilChr06G000031| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000031 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000031 |
| 描述 | temperature-induced lipocalin-1 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 300999 - 301995 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130987575 |
|---|---|
| GeneID | 130987575 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130987575 |
| 原始查询 | SmilChr06G000031 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | temperature-induced lipocalin-1 |
| 产物 | temperature-induced lipocalin-1 |
| Arabidopsis | AT5G58070 (TIL)temperature-induced lipocalin [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835919] identity=80.2; qcov=0.984; evalue=1.53e-112; confidence=high |
| Rice | Os08g0440100- identity=72.2; qcov=0.973; evalue=1.09e-98; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00061 (Lipocalin); PF08212 (Lipocalin_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130987575 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.80000 | XP_057767139.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057767139.1 |
| 3 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 0.20000 | XP_057767139.1 |
| 4 | Chloroplast thylakoid | 类囊体 | 0.20000 | XP_057767139.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057767139.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:301186 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B109,C78 |
Chr6:301444 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B73 |
Chr6:301659 |
GGA |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 6 | B125,B90,B92,B99,C71,C87 |
Chr6:301662 |
A |
ATT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 6 | B125,B90,B92,B99,C71,C87 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057767139.1PF08212
Lipocalin_2 12-158 aa
PF00061
Lipocalin 18-161 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057767139.1 |
Pfam | PF08212 |
Lipocalin_2 | Domain | 12 | 158 | 9e-56 | 188.6 | Lipocalin-like domain |
XP_057767139.1 |
Pfam | PF00061 |
Lipocalin | Domain | 18 | 161 | 2e-08 | 35.3 | Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。