当前解析结果
SmilChr06G000034| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000034 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000034 |
| 描述 | ABC transporter I family member 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 313161 - 315470 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130987577 |
|---|---|
| GeneID | 130987577 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130987577 |
| 原始查询 | SmilChr06G000034 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ABC transporter I family member 1 |
| 产物 | ABC transporter I family member 1 |
| Arabidopsis | AT1G63270 (ABCI1)non-intrinsic ABC protein 10 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842633] identity=80.5; qcov=0.987; evalue=1.85e-138; confidence=high |
| Rice | Os04g0627200 (OsABCI1)- identity=76.2; qcov=0.917; evalue=2.91e-120; confidence=high |
| GO | GO:0005524 (ATP binding); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0017004 (cytochrome complex assembly); GO:0022857 (transmembrane transporter activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00005 (ABC_tran) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130987577 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057767140.1 |
| 2 | Mitochondrion matrix | 线粒体基质 | 0.80000 | XP_057767140.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057767140.1 |
| 4 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057767140.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057767140.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:313613 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B114,B134,B47,C63 |
Chr6:313673 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr6:313724 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A1,B64,C12 |
Chr6:313736 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr6:313919 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr6:314042 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B101 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057767140.1PF00005
ABC_tran 26-166 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057767140.1 |
Pfam | PF00005 |
ABC_tran | Domain | 26 | 166 | 1.9e-28 | 100.5 | ABC transporter |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。