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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000046

染色体: Chr06 坐标: 374824-376733 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000046
名称SmilChr06G000046
描述CBL-interacting serine/threonine-protein kinase 6-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向374824 - 376733 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987589
GeneID130987589
locus_tag-
NCBI NameLOC130987589
原始查询SmilChr06G000046

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述CBL-interacting serine/threonine-protein kinase 6-like
产物CBL-interacting serine/threonine-protein kinase 6-like
ArabidopsisAT4G30960 (SIP3)
SOS3-interacting protein 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829221]
identity=74.3; qcov=0.977; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0206700 (OsCIPK05)
-
identity=61.5; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0007165 (signal transduction)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF03109 (ABC1); PF03822 (NAF); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987589

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057767159.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057767159.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057767159.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057767159.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767159.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:375088 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr6:375129 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:375255 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr6:375342 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 64 A1,A14,A4,A6,B108,B111,B122,B123,B124,B127,B128,B130,B17,B19,B21,B25,B26,B27,B34,B36,B39,B40,B42,B44,B45,B49,B5,B53,B6,B60,B63,B81,B82,B87,B9,B93,C13,C14,C16,C18,C24,C29,C31,C36,C39,C44,C49,C5,C52,C53,C55,C57,C6,C60,C61,C65,C70,C72,C82,C83,C84,C85,D3,D8
Chr6:375360 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 C24,C31,C57,C6,D3
Chr6:375387 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B17
Chr6:375393 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B17,C62
Chr6:375681 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:375783 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,B73,C34,C43,C84
Chr6:375982 TCG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B48
Chr6:375982 TCG T 2bp_deletion CDS_variant 1 B48
Chr6:376065 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B90,B92

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767159.1
435 aa
N
1
218
435
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
ABC1
NAF
C
PF00069 Pkinase 17-271 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 18-266 aa PF03109 ABC1 71-172 aa PF03822 NAF 302-361 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767159.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 17 271 5.3e-77 259.5 Protein kinase domain
XP_057767159.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 18 266 1.9e-37 129.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057767159.1 Pfam PF03109 ABC1 Domain 71 172 5.9e-07 29.6 ABC1 atypical kinase-like domain
XP_057767159.1 Pfam PF03822 NAF Domain 302 361 1.4e-20 73.9 NAF domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911176.1
AGTCTATAAATTCGCAGGTTCCTTCTTAGAAACAAAGAGATCAGAGAAACTGAGCTTCCTCAAATCATCGGCGGTGAAAGAAAAAAAAAAGCCCTAGAAAAGTAGTATCCCCAAATTTCTCTCCCAATTTTCTGGTAAGATTGGTGAGGAACCCTACCAGGGAATGCAGAGAGATGATAAGATCGCCGGTTTCTAACCCCCAATTAGGCGGCGGAAGGGCCAAGAAACCGCTCACCAGCGGCCGTAATTGCCACCGCAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987589
ATGACGATGCCAGCAGAAGACAAATGCGGCGGCGTGCTCCACGGCAAGTACGAGCTCGGCCGCCTCCTCGGCCACGGCACGTTCGCGAAGGTGTACCACGCGCGGCACATGCAGTCGGGGCGGAGCGTGGCGATGAAGATCGTGGGGAAGGAGAAGGTGATCAAGGTCGGCATGATGGACCAGGTGAAGCGCGAGATCTCGGTGATGAAGATGATGCACCACCCCAACATCGTCGAGCTCCACGAGGTCATGGCCAGCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767159.1
MTMPAEDKCGGVLHGKYELGRLLGHGTFAKVYHARHMQSGRSVAMKIVGKEKVIKVGMMDQVKREISVMKMMHHPNIVELHEVMASKSKIYFAMEYVRGGELFAKISRGRLKEEVARSYFQQLISAIDFCHSRSVYHRDLKPENLLLDEDGNLKVTDFGLSAFSDHLRQDGLLHTTCGTPAYVAPEVIGKKGYDGAKADIWSCGVILYVLLAGYLPFQDDNIVSMYRRIYRGDFKCPPWFSPEARKLITKMLDPNPSSRI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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