当前解析结果
SmilChr06G000050| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000050 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000050 |
| 描述 | BTB/POZ domain-containing protein At4g30940 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 408241 - 410408 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130987594 |
|---|---|
| GeneID | 130987594 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130987594 |
| 原始查询 | SmilChr06G000050 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | BTB/POZ domain-containing protein At4g30940 |
| 产物 | BTB/POZ domain-containing protein At4g30940 |
| Arabidopsis | AT2G24240 (AT2G24240)BTB/POZ domain with WD40/YVTN repeat-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816958] identity=77; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os04g0501500 (OSJNBa0029H02.24)- identity=63.4; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005515 (protein binding); GO:0051260 (protein homooligomerization) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02214 (BTB_2); PF25279 (Beta_prop_At2g24240) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130987594 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057767165.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057767165.1 |
| 3 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.20000 | XP_057767165.1 |
| 4 | Mitochondrion outer membrane | 线粒体外膜 | 0.20000 | XP_057767165.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057767165.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:408475 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B138,B14,C10,C74 |
Chr6:409257 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B2 |
Chr6:409436 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B138,B14,C10,C74 |
Chr6:409620 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B62 |
Chr6:409717 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A6 |
Chr6:409740 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B131,B75 |
Chr6:409773 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B99 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057767165.1PF02214
BTB_2 8-96 aa
PF25279
Beta_prop_At2g24240 118-436 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057767165.1 |
Pfam | PF02214 |
BTB_2 | Domain | 8 | 96 | 9.3e-15 | 55.5 | BTB/POZ domain |
XP_057767165.1 |
Pfam | PF25279 |
Beta_prop_At2g24240 | Repeat | 118 | 436 | 2.4e-167 | 556.4 | At2g24240-like, C-terminal beta propeller |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。