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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000050

染色体: Chr06 坐标: 408241-410408 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000050
名称SmilChr06G000050
描述BTB/POZ domain-containing protein At4g30940
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向408241 - 410408 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987594
GeneID130987594
locus_tag-
NCBI NameLOC130987594
原始查询SmilChr06G000050

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述BTB/POZ domain-containing protein At4g30940
产物BTB/POZ domain-containing protein At4g30940
ArabidopsisAT2G24240 (AT2G24240)
BTB/POZ domain with WD40/YVTN repeat-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816958]
identity=77; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0501500 (OSJNBa0029H02.24)
-
identity=63.4; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0051260 (protein homooligomerization)
KEGG-
PfamPF02214 (BTB_2); PF25279 (Beta_prop_At2g24240)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987594

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057767165.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057767165.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057767165.1
4 Mitochondrion outer membrane 线粒体外膜 0.20000 XP_057767165.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767165.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:408475 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B138,B14,C10,C74
Chr6:409257 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr6:409436 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B138,B14,C10,C74
Chr6:409620 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B62
Chr6:409717 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A6
Chr6:409740 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,B75
Chr6:409773 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767165.1
442 aa
N
1
221
442
BTB_2
Beta_prop_At2g24240
C
PF02214 BTB_2 8-96 aa PF25279 Beta_prop_At2g24240 118-436 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767165.1 Pfam PF02214 BTB_2 Domain 8 96 9.3e-15 55.5 BTB/POZ domain
XP_057767165.1 Pfam PF25279 Beta_prop_At2g24240 Repeat 118 436 2.4e-167 556.4 At2g24240-like, C-terminal beta propeller

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911182.1
TTAGTTATGTCAGAACTCAAGACTCCCATAATTTTGCAGCTCAAAAACGCTCTGCATTTTTCTCTTTTCCAATTTCATCAAACAATCAAAATCTTCTTTTTCTTCAAATTATTCACCTCCTATTCACAGATTCTTCGAGAGTTTTCAGTTACTGGTCGTTTTTTTTTTCCCTCTTCTGTTTCTGCTGTATTGGTTCGTTGCGTTTTGTTTTTTTCAGTTATGTGATGGAATCAATTGAGTTTTGATCGTGTTTTTGATTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987594
ATGGGAGTTCAGAAAGATAGAGTGAAGTTCAACGTAGGCGGGCGCCACTTCGAAACGACGGCGACGACGCTGGCAATCGCCGGCCGGAATTCCCTCTTCGGCGCCATGTTCGACGAGAATTGGGATCTCCACCCCACCGCCGCCGCCGACGAGCACTTCATCGACCGGAACCCCGATTGCTTCGCCGTCCTCCTGGACCTCCTCCGCACCGGGGAGCTCTACATCCCCCCCAACATCCCCGAACGCCTCCTCCACCGCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767165.1
MGVQKDRVKFNVGGRHFETTATTLAIAGRNSLFGAMFDENWDLHPTAAADEHFIDRNPDCFAVLLDLLRTGELYIPPNIPERLLHREALFYGLSDHLRAAKWGPFDGNTLHLSRSVPGRAPGDGTGIRAGPDGGCCVAHGSMVHVYDWAMEEHPPLNLDYQRVNDAVWVDSDSIVLSACERLGRDDGGMGLFNASSGELRHKFHVTHDSQVKSFSGGALSFSCDYRLFASCRGRSNEYGVGVWDQVSGKQVDFFYEPAGW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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