Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000058`

染色体: Chr06 坐标: 480981-484553 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000058`
名称	SmilChr06G000058
描述	uncharacterized SmilChr06G000058
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	480981 - 484553 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987603`
GeneID	`130987603`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987603`
原始查询	`SmilChr06G000058`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829214]; symbol=AT4G30900; hit=AT4G30900; species=arabidopsis; confidence=high
产物	DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829214]; symbol=AT4G30900; hit=AT4G30900; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT4G30900` (AT4G30900) DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829214] identity=80.1; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0279600` - identity=77.4; qcov=0.4; evalue=3.4e-67; confidence=low
GO	GO:0000175 (3'-5'-RNA exonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF03372 (Exo_endo_phos)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987603

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057767173.1`
2	Mitochondrion	线粒体	0.40000	`XP_057767173.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057767173.1`
4	Mitochondrion membrane	线粒体膜	0.20000	`XP_057767173.1`
5	Mitochondrion outer membrane	线粒体外膜	0.20000	`XP_057767173.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:481535`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B10,B101,B104,B40,C82
`Chr6:481553`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A21,B17
`Chr6:483090`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C51
`Chr6:483097`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,B40
`Chr6:483271`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C51
`Chr6:484237`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B72,C15
`Chr6:484264`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B1,C85,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767173.1

310 aa

155

310

Exo_endo_phos

PF03372 Exo_endo_phos 8-279 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767173.1`	Pfam	`PF03372`	Exo_endo_phos	Domain	8	279	1.2e-08	35.7	Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911190.1
TCCGACACCGGCCCGTATGACCCTCTCCGTTTCCACTTTGATTCAATTCCCTCTGATTCTTTCTTGATTTCAGTTCCCGAAAAGTAAGCAGCAATTTCTGCAAAGAAAAAAATCATCTTGTCGTGTGTTGTTTGATTGAGTAGATTCTGAGTCAAGAATGAAGTAAAAAGTGGAGCAAACAAGAAAGATGAGCGTTTCTTTGACTGTGATGACCTTTAATCTTCTGGAAGATCAGGCAGAGGACAGCCCCAATTCATGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987603
ATGAGCGTTTCTTTGACTGTGATGACCTTTAATCTTCTGGAAGATCAGGCAGAGGACAGCCCCAATTCATGGGACAAGAGGAAAGATTTGTGTGTTACAGTCATCACTAGCTACTCCCCCATGATCCTATGCACACAGCAAGGGGTGAAGTCACAGTTGGACTACCTACAACAATGCTTGCCAGGTTATGAACAATTTGGAATTTCAAGAAAAGGACCTGAAGACACTTCTGATCACCATTGTACCATCTTCTATGAAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057767173.1
MSVSLTVMTFNLLEDQAEDSPNSWDKRKDLCVTVITSYSPMILCTQQGVKSQLDYLQQCLPGYEQFGISRKGPEDTSDHHCTIFYEKEKVEVLEGGTFWLSESPSVPGSMSWGSTEPCIATWATFQLKGVEPPGFSFQIVNTNMDEFSPRARRRGALLTWQHIASLPPNLPVLYCGGFNTPKESTTGRFLLGRSREHGVVGDMRDAWPNARVRKNVSLIRTYHGFKGDKQGALEFLKLIFRALCLCWDRQTQDLHVDWIL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器