当前解析结果
SmilChr06G000069| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000069 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000069 |
| 描述 | 50S ribosomal protein L35, chloroplastic |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 537991 - 540201 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130987614 |
|---|---|
| GeneID | 130987614 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130987614 |
| 原始查询 | SmilChr06G000069 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | 50S ribosomal protein L35, chloroplastic |
| 产物 | 50S ribosomal protein L35%2C chloroplastic |
| Arabidopsis | AT2G24090 (PRPL35)Ribosomal protein L35 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816943] identity=65.7; qcov=0.656; evalue=2.83e-40; confidence=medium |
| Rice | Os06g0647100- identity=79.8; qcov=0.556; evalue=4.4e-39; confidence=medium |
| GO | GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation); GO:0015934 (large ribosomal subunit) |
| KEGG | smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF01632 (Ribosomal_L35p) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130987614 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057767192.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057767192.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057767192.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057767192.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057767192.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:538214 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B118 |
Chr6:538315 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B30 |
Chr6:538321 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B4,C86 |
Chr6:538367 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr6:538374 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C13 |
Chr6:538511 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr6:538520 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B101,B13,B53,C42,D7 |
Chr6:538606 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B102,B44,C13 |
Chr6:540009 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A8,B137,C55,C84 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057767192.1PF01632
Ribosomal_L35p 82-138 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057767192.1 |
Pfam | PF01632 |
Ribosomal_L35p | Family | 82 | 138 | 3.1e-21 | 76.3 | Ribosomal protein L35 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。