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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000070

染色体: Chr06 坐标: 540301-546813 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000070
名称SmilChr06G000070
描述autophagy-related protein 11-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向540301 - 546813 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987612
GeneID130987612
locus_tag-
NCBI NameLOC130987612
原始查询SmilChr06G000070

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述autophagy-related protein 11-like
产物autophagy-related protein 11-like
ArabidopsisAT4G30790 (AT4G30790)
autophagy-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829202]
identity=54.8; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0179800 (P0544B02.28)
-
identity=48.1; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000045 (autophagosome assembly); GO:0000422 (autophagy of mitochondrion); GO:0001934 (positive regulation of protein phosphorylation); GO:0019898 (extrinsic component of membrane); GO:0019901 (protein kinase binding); GO:0030242 (autophagy of peroxisome); GO:0034045 (phagophore assembly site membrane); GO:0034727 (piecemeal microautophagy of the nucleus); GO:0060090 (molecular adaptor activity); GO:0061709 (reticulophagy); GO:1990316 (Atg1/ULK1 kinase complex)
KEGGsmil04136 (Autophagy - other - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF04108 (ATG17_like); PF10377 (ATG11)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987612

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057767185.1
2 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 1.00000 XP_057767186.1
3 Vesicle 囊泡 1.00000 XP_057767186.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057767185.1
5 Golgi apparatus 高尔基体 0.80000 XP_057767185.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:540577 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B106
Chr6:540578 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B4,C86
Chr6:540578 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B4,C86
Chr6:540614 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B4,C86
Chr6:540658 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,D11
Chr6:540676 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B4,C86
Chr6:540796 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B106,C21
Chr6:541077 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:541078 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:541231 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr6:541418 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B124,C11,C60,C69,C70
Chr6:541442 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A13,B118,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767185.1
1173 aa
N
1
586
1173
ATG17_like
ATG11
C
PF04108 ATG17_like 193-529 aa PF10377 ATG11 1008-1162 aa
XP_057767186.1
1128 aa
N
1
564
1128
ATG17_like
ATG11
C
PF04108 ATG17_like 148-484 aa PF10377 ATG11 963-1117 aa
XP_057767187.1
1128 aa
N
1
564
1128
ATG17_like
ATG11
C
PF04108 ATG17_like 148-484 aa PF10377 ATG11 963-1117 aa
XP_057767188.1
1128 aa
N
1
564
1128
ATG17_like
ATG11
C
PF04108 ATG17_like 148-484 aa PF10377 ATG11 963-1117 aa
XP_057767189.1
1128 aa
N
1
564
1128
ATG17_like
ATG11
C
PF04108 ATG17_like 148-484 aa PF10377 ATG11 963-1117 aa
XP_057767190.1
1128 aa
N
1
564
1128
ATG17_like
ATG11
C
PF04108 ATG17_like 148-484 aa PF10377 ATG11 963-1117 aa
XP_057767191.1
1128 aa
N
1
564
1128
ATG17_like
ATG11
C
PF04108 ATG17_like 148-484 aa PF10377 ATG11 963-1117 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767185.1 Pfam PF04108 ATG17_like Domain 193 529 9.8e-29 101.6 Autophagy protein ATG17-like domain
XP_057767185.1 Pfam PF10377 ATG11 Family 1008 1162 2e-20 73.9 Autophagy-related protein 11
XP_057767186.1 Pfam PF04108 ATG17_like Domain 148 484 9.1e-29 101.7 Autophagy protein ATG17-like domain
XP_057767186.1 Pfam PF10377 ATG11 Family 963 1117 1.8e-20 74.1 Autophagy-related protein 11
XP_057767187.1 Pfam PF04108 ATG17_like Domain 148 484 9.1e-29 101.7 Autophagy protein ATG17-like domain
XP_057767187.1 Pfam PF10377 ATG11 Family 963 1117 1.8e-20 74.1 Autophagy-related protein 11
XP_057767188.1 Pfam PF04108 ATG17_like Domain 148 484 9.1e-29 101.7 Autophagy protein ATG17-like domain
XP_057767188.1 Pfam PF10377 ATG11 Family 963 1117 1.8e-20 74.1 Autophagy-related protein 11
XP_057767189.1 Pfam PF04108 ATG17_like Domain 148 484 9.1e-29 101.7 Autophagy protein ATG17-like domain
XP_057767189.1 Pfam PF10377 ATG11 Family 963 1117 1.8e-20 74.1 Autophagy-related protein 11
XP_057767190.1 Pfam PF04108 ATG17_like Domain 148 484 9.1e-29 101.7 Autophagy protein ATG17-like domain
XP_057767190.1 Pfam PF10377 ATG11 Family 963 1117 1.8e-20 74.1 Autophagy-related protein 11
XP_057767191.1 Pfam PF04108 ATG17_like Domain 148 484 9.1e-29 101.7 Autophagy protein ATG17-like domain
XP_057767191.1 Pfam PF10377 ATG11 Family 963 1117 1.8e-20 74.1 Autophagy-related protein 11

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911202.1
TCCTAATAATAATAACAATTAACAATGATGATGATGATAACTTGATAAGCTTAAGCTTTGATTAACACGAGATATATATGAAAAATTGTATCTTTAAAAAAAAGATATGGAAAATCTCTGTGATTTACATATTTTTTATTATACAATCCAACGAGTCAGCTAAAATCCCTTGTTTCCTGTTCCAAATTCTCTTAAATTTTCTTGGAGACCAAGAAGATTTCCCATCAACAGCATCTGCTCAGGCTCAGTTCCCAACTTTT...
XM_057911204.1
CCTAATAATAATAACAATTAACAATGATGATGATGATAACTTGATAAGCTTAAGCTTTGATTAACACGAGATATATATGAAAAATTGTATCTTTAAAAAAAAGATATGGAAAATCTCTGTGATTTACATATTTTTTATTATACAATCCAACGAGTCAGCTAAAATCCCTTGTTTCCTGTTCCAAATTCTCTTAAATTTTCTTGGAGACCAAGAAGATTTCCCATCAACAGCATCTGCTCAGGCTCAGTTCCCAACTTTTT...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC130987612
ATGAAATTCGCGTCTGCTTTGGCACCAGCATCTCGCTCTTGTCGTTTAGTTGCGCAAGTTCGTGTTTTTAAGTTTGATCCTGAGGGTTGCTGTGGTGGATTGGTTGGAGCTTTTGGAATTGGAGGGGTTGAAGGAATGAGTTCTAGTGTCTCAGAAGCTGTTGTTCAGACGGGGAAGCTCGTGGTTCACGTTGCTGAGAGTGGGCAGTCGTATAAGATTGAGTGTGATGAATGCACTCTAGTTGAGGCAGTGCAGAGTTT...
LOC130987612
ATGAGTTCTAGTGTCTCAGAAGCTGTTGTTCAGACGGGGAAGCTCGTGGTTCACGTTGCTGAGAGTGGGCAGTCGTATAAGATTGAGTGTGATGAATGCACTCTAGTTGAGGCAGTGCAGAGTTTCCTAGAATCGGCGTGTGGTATAGCGTTCAGTGATCAGCTTCTTCTGTGCTTGGACTCGAAGCTCGAACCCCATAGAACCCTCTCAGTTTACAAGCTTCCATCTGATGAAAGGGAAGTTTTTCTGTTTAATAAGGC...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057767185.1
MKFASALAPASRSCRLVAQVRVFKFDPEGCCGGLVGAFGIGGVEGMSSSVSEAVVQTGKLVVHVAESGQSYKIECDECTLVEAVQSFLESACGIAFSDQLLLCLDSKLEPHRTLSVYKLPSDEREVFLFNKARMRSNSPYPEPVQVEIIDIPDPPLPSPSQSPLAVDDASDPALKALPSYERQFRYHFHCGHAIYSRTSARFETCERLLEELKVQEKALEIARGNLDHFYKMIHQNYVDFMKCYSQQHRSHANLLATFAR...
XP_057767186.1
MSSSVSEAVVQTGKLVVHVAESGQSYKIECDECTLVEAVQSFLESACGIAFSDQLLLCLDSKLEPHRTLSVYKLPSDEREVFLFNKARMRSNSPYPEPVQVEIIDIPDPPLPSPSQSPLAVDDASDPALKALPSYERQFRYHFHCGHAIYSRTSARFETCERLLEELKVQEKALEIARGNLDHFYKMIHQNYVDFMKCYSQQHRSHANLLATFARDKEKLRSIRLLPALQTANRKCLLDFVKEENLQKTWEDCSSLHKQF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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