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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000076

染色体: Chr06 坐标: 569569-575981 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000076
名称SmilChr06G000076
描述AUGMIN subunit 8-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向569569 - 575981 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987620
GeneID130987620
locus_tag-
NCBI NameLOC130987620
原始查询SmilChr06G000076

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述AUGMIN subunit 8-like
产物AUGMIN subunit 8-like
ArabidopsisAT4G30710 (QWRF8)
QWRF motif protein (DUF566) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829194]
identity=44.1; qcov=0.33; evalue=1.42e-64; confidence=low
RiceOs09g0422600
-
identity=35; qcov=0.455; evalue=2.45e-54; confidence=low
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0005813 (centrosome); GO:0005880 (nuclear microtubule); GO:0007098 (centrosome cycle); GO:0008017 (microtubule binding); GO:0051225 (spindle assembly)
KEGG-
PfamPF04484 (QWRF)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987620

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057767200.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057767200.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057767200.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767200.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767200.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:571625 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B4,C86
Chr6:571708 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr6:571832 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:572197 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B73,C11,C69
Chr6:572339 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C26
Chr6:572343 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr6:572413 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:572461 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr6:572465 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,B108
Chr6:572493 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:572507 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr6:572513 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767200.1
798 aa
N
1
399
798
QWRF
C
PF04484 QWRF 437-757 aa
XP_057767201.1
798 aa
N
1
399
798
QWRF
C
PF04484 QWRF 437-757 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767200.1 Pfam PF04484 QWRF Family 437 757 1.4e-68 232.6 QWRF family
XP_057767201.1 Pfam PF04484 QWRF Family 437 757 1.4e-68 232.6 QWRF family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911218.1
GATTCAGCAGACAATAATAAATAAAGAAGCCAAAGTCTCGAAAAGAAAAAAGGAAATTTAAATATATAGATTTGTTTTTTTTGTTAAAATAACATATTTTAATAATTATTAAATGAAGCGTCATCGCCGCGTCTTGTCGATCTCGATATATTATTCCAAATTTCCAACGTTTAACAGAAAACTTCCACCATTTCGATCGCTGCTGATCAAATTTGTCGACTCTGTGATTATTGCCTGAAAAAGATTTTCAGGATCTCGTT...
XM_057911217.1
ATCAGATTTTGTTCTTGCATCCGTAAAAAGAAAATGCAAAAAGGACATTGCCAGATAGTTTTCTCAACAGTTTCTGCCATTAACGATGCTTAATCAATGCAAATTAATGGCAATTAGCGATAGATTATTTTATTGTTGTTGTAGTGTTTATGGGGTTGTGTGAATTCATGGGGATGGACAATGATCCTTCCTGCACGTGGCCTCCATGTCCTTGTTCTCATAATTTATAATGATTTTGAATTGTTTACACTTTAATGGCG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130987620
ATGGATGTATATGAATCGGAGCAAGCATTACAGAAGCTATCTGCAGCTGAGAGAACAAGACTACCACTGATTTCGTCTGAGAACAAGAATGGAGTCTCTCCCCTTGCCCAAACAAGAGAAGTTCGTTCGAGGTGTAGGTCACCTTTACCATCTTCACCCACAAAACGCTGTTCTTCGCCAACTGCCAGCAGGACATCATCAACCTCAACTTTTTCAGCAGCAGCAAAGAGGGCTATATCAGCTGAAAGAAATCGCCCCTC...
LOC130987620
ATGGATGTATATGAATCGGAGCAAGCATTACAGAAGCTATCTGCAGCTGAGAGAACAAGACTACCACTGATTTCGTCTGAGAACAAGAATGGAGTCTCTCCCCTTGCCCAAACAAGAGAAGTTCGTTCGAGGTGTAGGTCACCTTTACCATCTTCACCCACAAAACGCTGTTCTTCGCCAACTGCCAGCAGGACATCATCAACCTCAACTTTTTCAGCAGCAGCAAAGAGGGCTATATCAGCTGAAAGAAATCGCCCCTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057767200.1
MDVYESEQALQKLSAAERTRLPLISSENKNGVSPLAQTREVRSRCRSPLPSSPTKRCSSPTASRTSSTSTFSAAAKRAISAERNRPSRPSSPRSPSTPIQDTTAELLLSSRKVAGNKIPESLWPSTMRSLNVSFQSDTYSVPNSKKEKPASYMPDRTLRQSSNVAHRQAEAPASGKPTPERKQSPLTGRNSADQSENSKPVDSLYPRMVDQHRWPSTTAGKVSTALNRSIDLADKKNKVTPTPSLRRLDRITVSSKSIDL...
XP_057767201.1
MDVYESEQALQKLSAAERTRLPLISSENKNGVSPLAQTREVRSRCRSPLPSSPTKRCSSPTASRTSSTSTFSAAAKRAISAERNRPSRPSSPRSPSTPIQDTTAELLLSSRKVAGNKIPESLWPSTMRSLNVSFQSDTYSVPNSKKEKPASYMPDRTLRQSSNVAHRQAEAPASGKPTPERKQSPLTGRNSADQSENSKPVDSLYPRMVDQHRWPSTTAGKVSTALNRSIDLADKKNKVTPTPSLRRLDRITVSSKSIDL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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