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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000078

染色体: Chr06 坐标: 587378-589825 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000078
名称SmilChr06G000078
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g30700
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向587378 - 589825 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987622
GeneID130987622
locus_tag-
NCBI NameLOC130987622
原始查询SmilChr06G000078

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g30700
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At4g30700
ArabidopsisAT4G30700 (MEF29)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829193]
identity=55.6; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0185800
-
identity=52.8; qcov=0.999; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20430 (Eplus_motif); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987622

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057767203.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767203.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767203.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767203.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057767203.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:587470 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,B126,C51
Chr6:587525 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B46
Chr6:587525 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B46
Chr6:587526 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B4,C86
Chr6:587717 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B66,B94,C24
Chr6:587749 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B66,B94,C24
Chr6:587946 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,B126,C51
Chr6:588022 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr6:588053 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,B126,C51
Chr6:588191 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,C9
Chr6:588221 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B106
Chr6:588348 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,B6,B87,C26,C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767203.1
785 aa
N
1
392
785
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR_1
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
E_motif
Eplus_motif
DYW_deaminase
C
PF13041 PPR_2 177-224 aa PF01535 PPR 180-208 aa PF01535 PPR 282-309 aa PF01535 PPR 383-411 aa PF13041 PPR_2 383-427 aa PF13812 PPR_3 384-426 aa PF01535 PPR 455-481 aa PF12854 PPR_1 478-509 aa PF13812 PPR_3 479-527 aa PF13041 PPR_2 481-528 aa PF01535 PPR 483-513 aa PF01535 PPR 518-544 aa PF20431 E_motif 599-657 aa PF20430 Eplus_motif 663-689 aa PF14432 DYW_deaminase 693-785 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767203.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 177 224 1.6e-63 211.3 PPR repeat family
XP_057767203.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 180 208 3.8e-62 203.0 PPR repeat
XP_057767203.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 282 309 3.8e-62 203.0 PPR repeat
XP_057767203.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 383 411 3.8e-62 203.0 PPR repeat
XP_057767203.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 383 427 1.6e-63 211.3 PPR repeat family
XP_057767203.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 384 426 3.2e-20 72.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057767203.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 455 481 3.8e-62 203.0 PPR repeat
XP_057767203.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 478 509 2.5e-45 152.6 PPR repeat
XP_057767203.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 479 527 3.2e-20 72.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057767203.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 481 528 1.6e-63 211.3 PPR repeat family
XP_057767203.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 483 513 3.8e-62 203.0 PPR repeat
XP_057767203.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 518 544 3.8e-62 203.0 PPR repeat
XP_057767203.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 599 657 3e-09 37.7 E motif
XP_057767203.1 Pfam PF20430 Eplus_motif Motif 663 689 2.1e-06 28.1 E+ motif
XP_057767203.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 693 785 6.7e-40 135.5 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911220.1
AAAGTAGTGAAAAAGATGCATGTTAAAATGAGCTGAAGAAAAGCTAAGCTATTTGTGTGCAGCTCCAATGGTGTGCAGAGCCATATCTCATCCTCCTCGAGATAGAAACCAGTTGTTAAAGTTGATCAACCTCTCCACCGCTCTCTCTCACCTCAATCAGACCCACGCCCAGCTCATCCTCAACGCCCACCTCCACGACAACATCGTCGTCACCAAATTCCTTCAAAAACTCCTCGACTTCAAAGCTCCGGCGCAAGCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987622
ATGGTGTGCAGAGCCATATCTCATCCTCCTCGAGATAGAAACCAGTTGTTAAAGTTGATCAACCTCTCCACCGCTCTCTCTCACCTCAATCAGACCCACGCCCAGCTCATCCTCAACGCCCACCTCCACGACAACATCGTCGTCACCAAATTCCTTCAAAAACTCCTCGACTTCAAAGCTCCGGCGCAAGCCAAACTCCTCTTCGCCAAAGCCCAGGCGCCCGATCTCTTCCTCTACAACGCCCTCATCAAAGGCCTCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767203.1
MVCRAISHPPRDRNQLLKLINLSTALSHLNQTHAQLILNAHLHDNIVVTKFLQKLLDFKAPAQAKLLFAKAQAPDLFLYNALIKGLRDTPFDSLSLYNTLLRKSHLKPDNFTYSFLISAFSRSSSPASPKVAVLLHGHAVVSGFGSDVFVGSALVDAYTRFSKFRQAHKVFDEIPEPDTVLWNTLLSGLVKNSRFDESLAVFGDMIRRAARLDSTTLAVVLSAVAELQRFRDGMLLQALAIKVGCHFDKHVLTCLVSLYS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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