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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000080

染色体: Chr06 坐标: 594188-600122 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000080
名称SmilChr06G000080
描述eukaryotic translation initiation factor-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向594188 - 600122 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987624
GeneID130987624
locus_tag-
NCBI NameLOC130987624
原始查询SmilChr06G000080

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述eukaryotic translation initiation factor-like
产物eukaryotic translation initiation factor-like
ArabidopsisAT5G57870 (eIFiso4G1)
MIF4G domain-containing protein / MA3 domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835897]
identity=63.3; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0499300 (Rymv1)
-
identity=57.7; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003729 (mRNA binding); GO:0003743 (translation initiation factor activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0016281 (eukaryotic translation initiation factor 4F complex)
KEGG-
PfamPF02847 (MA3); PF02854 (MIF4G)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987624

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057767205.1
2 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 1.00000 XP_057767205.1
3 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057767205.1
4 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.80000 XP_057767205.1
5 P-body P-body 0.60000 XP_057767205.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:594645 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:595981 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,A9,B54,B57,B98
Chr6:596726 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr6:596876 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr6:598103 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr6:598519 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:598660 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,A3,A7,D7
Chr6:598695 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:599164 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,D4
Chr6:599170 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,B126,C51
Chr6:599186 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr6:599274 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A24,A3,A7,C32,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767205.1
778 aa
N
1
389
778
MIF4G
MA3
C
PF02854 MIF4G 208-433 aa PF02847 MA3 614-726 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767205.1 Pfam PF02854 MIF4G Repeat 208 433 1.6e-51 175.7 MIF4G domain
XP_057767205.1 Pfam PF02847 MA3 Repeat 614 726 1.4e-25 90.2 MA3 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911222.1
AAATAAGGGTTTTGCTCTGTACATCGCCACTCTGTGTCTACATATATACACACATATATATATATAAACCACCTCACTCCATTGCCATCTCCTCTCCTTCTCCCAAATAGAGAGAGGAAAAGCAATAATTCTCTCTCTAATAATCCCTTTCCTATCTCTTCTTTTATCCCCTATATCTTCACGTATATACATCTATATATACGTCAGAATAAAAAAAATATCTATATATACGCATATATAGATACCACTTCGAAAAGCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987624
ATGCAGGCTGATCAGACGGTTTTGAGCTTGAGACCAGGTGGCGGCACTCGCGGCGGAAGCAGAGTATTCGGCCCACGCTTTGATTCATCTGCGGCGGCGAATTCCGATCTCCCCCTGCTGCGTCCCCATGGCGGTGCTGCTTCTTCGCTCCCTTCCTTCAAGACTGGAGAATCTCGATTTGATGAGGGTCACGAGCGGATCCGTTACACTAGAGATCTGTTACTTCAGCTAAGGGAGGCGGTGACCATCCCAGAGAGAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767205.1
MQADQTVLSLRPGGGTRGGSRVFGPRFDSSAAANSDLPLLRPHGGAASSLPSFKTGESRFDEGHERIRYTRDLLLQLREAVTIPERILKVKQEVEAEFGTDVSWSRGESNLPDQLQSRYSELDNRDWRNRSTQLPAPAEERSWESVRDRDIGGRWQQDANLYNKQDQTNSQFARSQISSNQGVAQTLIKADAPWSARRGNLSEEDRVLKTVKGILNKLTPEKFDLLKGQLIDSGITTADILKGVISLIFDKAVLEPTFCP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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