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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000081

染色体: Chr06 坐标: 603449-606462 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000081
名称SmilChr06G000081
描述uncharacterized SmilChr06G000081
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向603449 - 606462 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987625
GeneID130987625
locus_tag-
NCBI NameLOC130987625
原始查询SmilChr06G000081

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829186]; symbol=AT4G30630; hit=AT4G30630; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829186]; symbol=AT4G30630; hit=AT4G30630; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT4G30630 (AT4G30630)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829186]
identity=27.1; qcov=0.936; evalue=6.75e-15; confidence=low
RiceOs08g0270800
-
identity=45.9; qcov=0.204; evalue=2.73e-07; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987625

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057767206.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767206.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767206.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057767206.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057767206.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:603842 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B100,B4,C86
Chr6:603978 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr6:604172 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B73,D11
Chr6:604225 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,B126,B65
Chr6:604232 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A4
Chr6:604301 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr6:604330 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B67,C21
Chr6:604570 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D2,D4
Chr6:605001 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B134,B14,C14,C34
Chr6:605725 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 2 C11,C69
Chr6:605725 T TG 1bp_insertion CDS_variant 2 C11,C69
Chr6:605739 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B2,B33,C5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911223.1
CTCCCTCTCTCTCTCATCTCTCTCTCTACCAACATCAACAGCGCACCAGGAAACGGCACCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTCTCACTATGTCAAGCTCTACATTGTGTGCCTACGTCGTCTCATTCACGGACCTTCACCAGGTGGAGAGACAGCAAACCAGTATTCTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATCAGGAAATGTCTTCACTTCAAACGTTTTCCCAACAATAAACCAAAAACCCACATCACACAGCACCAAAATAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987625
ATGTCAAAGAAGATGAAGCAAGTGGTTTTGGATCCAACGACGCCGTATGGTGTTGTGGATGGTAGGGCTAGGCTCAAGTATCAGACTCTTATGCAGGACTATCACGACTTGCAAAAGGAAGTTGATATCATGAGTAGCAGATTAGAGGCAGGGAAACAGAGGAAGTTGGCTCTCGCTGCTGAAGTTCGGTTTCTGCGGAAAAGATTTAGTTACTTAATGAAAACGAAGACTAAGAATTCGTCACAGAGAGAAAAACTAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767206.1
MSKKMKQVVLDPTTPYGVVDGRARLKYQTLMQDYHDLQKEVDIMSSRLEAGKQRKLALAAEVRFLRKRFSYLMKTKTKNSSQREKLGQLPNLHKQAKQTEKLGRKEATLRVLPPIPEVRPKKKQYISKEVALRGSSPVGKHHRKMSDGGKESTQRSSATIYDLSHKARTDTRKNNLTRSTAPFFDLNKKGRMYANDTAPSNASAAFDLNQDDGSSGRESSLPSRAPIFDLNEISTGDEDFQQTNAEAVKYEETRRSLMRH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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