当前解析结果
SmilChr06G000083| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000083 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000083 |
| 描述 | serine carboxypeptidase 24-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 611733 - 614993 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130987627 |
|---|---|
| GeneID | 130987627 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130987627 |
| 原始查询 | SmilChr06G000083 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | serine carboxypeptidase 24-like |
| 产物 | serine carboxypeptidase 24-like |
| Arabidopsis | AT4G30610 (BRS1)alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829184] identity=64.2; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os02g0794500 (OsSCP10)- identity=64.2; qcov=0.969; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0004185 (serine-type carboxypeptidase activity); GO:0005773 (vacuole); GO:0006508 (proteolysis); GO:0009742 (brassinosteroid mediated signaling pathway) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00450 (Peptidase_S10) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130987627 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.60000 | XP_057767208.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.60000 | XP_057767208.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057767208.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057767208.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057767208.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:611902 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr6:612329 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr6:612591 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr6:612812 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B114,B45,C24,C62,C79 |
Chr6:612991 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B140,B87,C26,C39 |
Chr6:613033 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C39 |
Chr6:613036 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B63,B73 |
Chr6:613069 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr6:613251 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A8,B34,B98 |
Chr6:614560 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B64,B73,B98 |
Chr6:614593 |
G |
GGC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | D4 |
Chr6:614593 |
G |
GGC |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | D4 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057767208.1PF00450
Peptidase_S10 37-450 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057767208.1 |
Pfam | PF00450 |
Peptidase_S10 | Domain | 37 | 450 | 8.7e-149 | 497.2 | Serine carboxypeptidase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。