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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000083

染色体: Chr06 坐标: 611733-614993 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000083
名称SmilChr06G000083
描述serine carboxypeptidase 24-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向611733 - 614993 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987627
GeneID130987627
locus_tag-
NCBI NameLOC130987627
原始查询SmilChr06G000083

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine carboxypeptidase 24-like
产物serine carboxypeptidase 24-like
ArabidopsisAT4G30610 (BRS1)
alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829184]
identity=64.2; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0794500 (OsSCP10)
-
identity=64.2; qcov=0.969; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004185 (serine-type carboxypeptidase activity); GO:0005773 (vacuole); GO:0006508 (proteolysis); GO:0009742 (brassinosteroid mediated signaling pathway)
KEGG-
PfamPF00450 (Peptidase_S10)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987627

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.60000 XP_057767208.1
2 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057767208.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767208.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767208.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767208.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:611902 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:612329 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:612591 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:612812 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B114,B45,C24,C62,C79
Chr6:612991 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B140,B87,C26,C39
Chr6:613033 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr6:613036 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B63,B73
Chr6:613069 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:613251 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,B34,B98
Chr6:614560 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B64,B73,B98
Chr6:614593 G GGC 2bp_insertion frameshift_variant 1 D4
Chr6:614593 G GGC 2bp_insertion CDS_variant 1 D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767208.1
458 aa
N
1
229
458
Peptidase_S10
C
PF00450 Peptidase_S10 37-450 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767208.1 Pfam PF00450 Peptidase_S10 Domain 37 450 8.7e-149 497.2 Serine carboxypeptidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911225.1
CACCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACATGTATCCAGCATAGAGTGTTGAAAACATCCCTATCCATCATCGTCATTCTTGCTGCAAACTTCTCAGAATTCAGTACTTCATTTTCTTCCACTACTAAAAGATCACCATATATATATATATATATATATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTGTGTATATATATATATATAGAGGAATGGAGTGGGGAAAAATATTATTAATTGCTGTGGTAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987627
ATGGAGTGGGGAAAAATATTATTAATTGCTGTGGTAATTGTGTGTTTATCATCATCATCAGCAAGAGCAAGAAGCAATGCATTTGCAGAGGAAGAGATAGCGGCGCTGCCGGGGCAGCCGGCGGTGGAATTCTCGCAATATTCCGGCTACGTCACCGTCGACGAGGAAGAGGGCCGCGCCCTCTTCTACTGGCTCACGGAGGCTGCACGTGGCGGCGCACGCGCAAAGCCACTTCTTCTTTGGCTCAATGGAGGACCTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767208.1
MEWGKILLIAVVIVCLSSSSARARSNAFAEEEIAALPGQPAVEFSQYSGYVTVDEEEGRALFYWLTEAARGGARAKPLLLWLNGGPGCSSVAYGASEEIGPFKINKNASSLYLNQYSWNKVANILFLESPAGVGFSYTNASSNLNDTGDERTAEDALVFLIRWMDRFPHYKSREFYISGESYAGHYVPQLASKIVDYNNKSSHPFINLKGFIVGNADTDSHYDYIGTVNYWWSHSLISDHTYDLILKSCNNSFKDTSQKC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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