Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000084`

染色体: Chr06 坐标: 617296-617863 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000084`
名称	SmilChr06G000084
描述	protein PELPK1-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	617296 - 617863 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987629`
GeneID	`130987629`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987629`
原始查询	`SmilChr06G000084`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein PELPK1-like
产物	protein PELPK1-like
Arabidopsis	`AT5G09530` (PELPK1) hydroxyproline-rich glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830812] identity=50.5; qcov=0.861; evalue=5.96e-12; confidence=low
Rice	`Os07g0599900` (OJ1634_B10.117) - identity=58.6; qcov=0.648; evalue=9.36e-10; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987629

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell wall	细胞壁	0.40000	`XP_057767210.1`
2	Secreted	分泌到胞外	0.40000	`XP_057767210.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057767210.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057767210.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057767210.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:617641`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A24
`Chr6:617749`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B98,D10
`Chr6:617824`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B137,C84
`Chr6:617838`	`AAG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	12	B11,B113,B114,B129,B44,B47,B76,B9,C20,C57,C63,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911227.1
ATGGCAATCCATTATTCCTCTCTCTTCTTGTTTTTCGTCGTCGCGATGGCTTACGCGACTGAGGCCCGCCGCCTCCTCGAGTTGCCAGCTTTGCCTAAGCTTGAAATTCCAACTCTCCCTATGCCCGAATTGCCCAAGCCCGAGATTCCTGAGTTGCCTAAACTCGAGATTCCAGAATTCCCTAAGCCCGAGATTCCAGAATTGCCAAAACCGGAGATCCCAGAATTCCCTAAGCCTGAGATTCCAGATGTCTCAAAGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987629
ATGGCAATCCATTATTCCTCTCTCTTCTTGTTTTTCGTCGTCGCGATGGCTTACGCGACTGAGGCCCGCCGCCTCCTCGAGTTGCCAGCTTTGCCTAAGCTTGAAATTCCAACTCTCCCTATGCCCGAATTGCCCAAGCCCGAGATTCCTGAGTTGCCTAAACTCGAGATTCCAGAATTCCCTAAGCCCGAGATTCCAGAATTGCCAAAACCGGAGATCCCAGAATTCCCTAAGCCTGAGATTCCAGATGTCTCAAAGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057767210.1
MAIHYSSLFLFFVVAMAYATEARRLLELPALPKLEIPTLPMPELPKPEIPELPKLEIPEFPKPEIPELPKPEIPEFPKPEIPDVSKLPSLPKLEVPQLPKFPEESKSP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器