Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000093`

染色体: Chr06 坐标: 662815-664478 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000093`
名称	SmilChr06G000093
描述	60S ribosomal protein L24
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	662815 - 664478 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987638`
GeneID	`130987638`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987638`
原始查询	`SmilChr06G000093`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	60S ribosomal protein L24
产物	60S ribosomal protein L24
Arabidopsis	`AT2G36620` (RPL24A) ribosomal protein L24 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818234] identity=84.1; qcov=0.963; evalue=2.36e-84; confidence=high
Rice	`Os05g0486700` - identity=85.5; qcov=0.933; evalue=4.47e-81; confidence=high
GO	GO:0002181 (cytoplasmic translation); GO:0003729 (mRNA binding); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0022625 (cytosolic large ribosomal subunit)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01246 (Ribosomal_L24e)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987638

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057767219.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057767219.1`
3	Nucleolus	核仁	0.20000	`XP_057767219.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057767219.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057767219.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:663603`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B15,C4
`Chr6:663779`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B139,B37
`Chr6:663848`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B32
`Chr6:663955`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B12,B32,C73,C86
`Chr6:663975`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A21,D5
`Chr6:663979`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C18,C37
`Chr6:663989`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B32,C73,C86
`Chr6:663989`	`G`	`GA`	1bp_insertion	CDS_variant	3	B32,C73,C86
`Chr6:664230`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A7
`Chr6:664262`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C81
`Chr6:664325`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C33,C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767219.1

163 aa

163

Ribosomal_L24e

PF01246 Ribosomal_L24e 3-67 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767219.1`	Pfam	`PF01246`	Ribosomal_L24e	Domain	3	67	2.2e-28	99.0	Ribosomal protein L24e

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911236.1
TTGTTTATTAGGCTTAAGGAAATATGCAAATGGGTTTTAAACCCTAGGCCCATTTCGAAGCAAAGCCTTAATTTTTTTCTAGAGTTGAAGCAACGCCTTATATTGGGCGTTAGGGTTTCTGCAACTCCAGAAAATAACATCACTGCGCGGCGCTAGCTCACCATCATTCTGCAGCCATGGTTCTCAAGACGGAGCTTTGCCGTTTTAGCGGTGCCAAGATCTATCCTGGAAGGGGCATCAGGTTTATCCGCTCCGACTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987638
ATGGTTCTCAAGACGGAGCTTTGCCGTTTTAGCGGTGCCAAGATCTATCCTGGAAGGGGCATCAGGTTTATCCGCTCCGACTCTCAGGTTTTTCTGTTTGTTAACTCAAAATGCAAGAGGTACTTCCACAATCGCCTCAGGCCTGCGAAGCTCACATGGACTGCTATGTACCGTAAACAACATAAGAAGGATGTCGCTGCTGAAGCTGTCAAGAAGAGGCGTCGCACCAACAAGAAGCCCTACTCGAGGTCCATTGTTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057767219.1
MVLKTELCRFSGAKIYPGRGIRFIRSDSQVFLFVNSKCKRYFHNRLRPAKLTWTAMYRKQHKKDVAAEAVKKRRRTNKKPYSRSIVGATLEVIQKKRAEKPEVRDAAREAALREIKERIKKSKDEKKAKKAEVMSKQKTSGKTNVPKGAAPKGPKIGGGGGKR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器