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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000094

染色体: Chr06 坐标: 666084-670549 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000094
名称SmilChr06G000094
描述probable E3 ubiquitin-protein ligase XBOS32
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向666084 - 670549 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987639
GeneID130987639
locus_tag-
NCBI NameLOC130987639
原始查询SmilChr06G000094

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable E3 ubiquitin-protein ligase XBOS32
产物probable E3 ubiquitin-protein ligase XBOS32
ArabidopsisAT5G57740 (XBAT32)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835882]
identity=61.1; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0791200 (XBOS32)
-
identity=61.4; qcov=0.988; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00023 (Ank); PF12796 (Ank_2); PF13606 (Ank_3); PF13637 (Ank_4); PF13857 (Ank_5); PF24921 (RING_XB3-XBAT31)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987639

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057767220.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057767220.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767220.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767220.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767220.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:667203 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B54,C39
Chr6:667370 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr6:668080 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr6:668670 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:668791 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C73,C86
Chr6:668792 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B29,C60,D7
Chr6:669251 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr6:669277 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 15 A18,A21,B12,B2,B28,B32,B79,B82,C18,C37,C73,C86,C87,D4,D5
Chr6:669289 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B38
Chr6:669538 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B17,B57,B76
Chr6:669539 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B38
Chr6:669805 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C38

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767220.1
511 aa
N
1
256
511
Ank_2
Ank_3
Ank
Ank_4
Ank_5
Ank_2
Ank_3
Ank
Ank_4
Ank_2
Ank
Ank_3
Ank_3
Ank
Ank_4
Ank_2
Ank
RING_XB3-XBAT31
C
PF12796 Ank_2 24-115 aa PF13606 Ank_3 55-81 aa PF00023 Ank 55-84 aa PF13637 Ank_4 58-107 aa PF13857 Ank_5 73-110 aa PF12796 Ank_2 86-142 aa PF13606 Ank_3 87-114 aa PF00023 Ank 87-117 aa PF13637 Ank_4 93-141 aa PF12796 Ank_2 116-211 aa PF00023 Ank 120-143 aa PF13606 Ank_3 120-144 aa PF13606 Ank_3 186-210 aa PF00023 Ank 186-212 aa PF13637 Ank_4 188-247 aa PF12796 Ank_2 226-279 aa PF00023 Ank 227-256 aa PF24921 RING_XB3-XBAT31 323-377 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767220.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 24 115 7.9e-46 155.3 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057767220.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 55 81 1.1e-29 99.5 Ankyrin repeat
XP_057767220.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 55 84 3.8e-42 140.6 Ankyrin repeat
XP_057767220.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 58 107 8.3e-33 112.4 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057767220.1 Pfam PF13857 Ank_5 Repeat 73 110 1.6e-27 95.9 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057767220.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 86 142 7.9e-46 155.3 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057767220.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 87 114 1.1e-29 99.5 Ankyrin repeat
XP_057767220.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 87 117 3.8e-42 140.6 Ankyrin repeat
XP_057767220.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 93 141 8.3e-33 112.4 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057767220.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 116 211 7.9e-46 155.3 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057767220.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 120 143 3.8e-42 140.6 Ankyrin repeat
XP_057767220.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 120 144 1.1e-29 99.5 Ankyrin repeat
XP_057767220.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 186 210 1.1e-29 99.5 Ankyrin repeat
XP_057767220.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 186 212 3.8e-42 140.6 Ankyrin repeat
XP_057767220.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 188 247 8.3e-33 112.4 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057767220.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 226 279 7.9e-46 155.3 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057767220.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 227 256 3.8e-42 140.6 Ankyrin repeat
XP_057767220.1 Pfam PF24921 RING_XB3-XBAT31 Domain 323 377 9.5e-19 67.9 E3 ubiquitin-protein ligase XB3/XBAT31 RING finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911237.1
GAGCTTATTTGAAGCTAACTCGCGACTTCACGAATCGAATACTTAATACTTACAAGCTCACGGATCGAATCTAAGCTCAGTCCGCTTACACTCCTTTTATTTTTTATTTATTTATTTCAATTTATTTTTTATTGTTGTTGTAAACAGCAAATCTGATTGGATGGGAAAAGTGGAAATGATATCAACTGCTAATGGACTTTCTTTGCATGCTGTTGGTTTGAGGTTGTCGCGAAACTCAATGTCCTATTCCACCATTCTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987639
ATGATGAACATGAGATTCTTTGACATTGTGGGCAATTCTTTCGGATGCTCTGCATCCGGGGAGCGCCTCGTCTCTGCAGCAAGAGAGGGGGATATTCAAGAAGCTAAGGCTTTGTTGGATTACAATCCTCGTCTTGCTAGATATTCCACCTTTGGTGTTCGCAATTCGCCTTTGCATTACTCTGCTGCTCAAGGTCACCATGAGATTGTCTCACTCTTGCTCGAGTCTGGAGTTGATATTAACCTGAGAAACTATCGTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767220.1
MMNMRFFDIVGNSFGCSASGERLVSAAREGDIQEAKALLDYNPRLARYSTFGVRNSPLHYSAAQGHHEIVSLLLESGVDINLRNYRGQTALMQACQYGHWEVVQILILFKANIHRADYLNGGTALHLAALNGHFRCIRLLLADHIPSSPDVCRILRKRSTNNESVSKFDQGALRVIVNRPADGSVTALHMAALKGHVDTVHLLLELGASVSDVTVEDGGIIDLIGAGSTPLHYAACGGNAQCCQLLIAKGASLTAETANG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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