当前解析结果
SmilChr06G000099| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000099 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000099 |
| 描述 | AAA-ATPase ASD, mitochondrial-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 707805 - 708480 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130987646 |
|---|---|
| GeneID | 130987646 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130987646 |
| 原始查询 | SmilChr06G000099 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | AAA-ATPase ASD, mitochondrial-like |
| 产物 | AAA-ATPase ASD%2C mitochondrial-like |
| Arabidopsis | AT5G40010 (AATP1)AAA-ATPase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833998] identity=39; qcov=0.52; evalue=4.48e-14; confidence=low |
| Rice | Os12g0639200- identity=30.4; qcov=0.534; evalue=2.86e-07; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF14363 (AAA_assoc) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130987646 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057767228.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057767228.1 |
| 3 | Nucleoplasm | 核质 | 0.40000 | XP_057767228.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.20000 | XP_057767228.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057767228.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:708041 |
TAC |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 4 | A5,B117,C31,C9 |
Chr6:708041 |
TAC |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 4 | A5,B117,C31,C9 |
Chr6:708048 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B114,B126,B129,B47 |
Chr6:708053 |
C |
CTG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 8 | B118,B130,B36,B7,B95,C5,C77,D11 |
Chr6:708057 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B44,B81,C27,C47 |
Chr6:708088 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | C11,C69 |
Chr6:708088 |
CG |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | C11,C69 |
Chr6:708105 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B114,B129,B47 |
Chr6:708138 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D8 |
Chr6:708145 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 6 | B15,B17,B64,B91,C55,D7 |
Chr6:708153 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 4 | B53,B95,C41,C77 |
Chr6:708153 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 4 | B53,B95,C41,C77 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057767228.1PF14363
AAA_assoc 11-76 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057767228.1 |
Pfam | PF14363 |
AAA_assoc | Family | 11 | 76 | 1e-11 | 45.8 | Domain associated at C-terminal with AAA |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。