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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000099

染色体: Chr06 坐标: 707805-708480 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000099
名称SmilChr06G000099
描述AAA-ATPase ASD, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向707805 - 708480 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987646
GeneID130987646
locus_tag-
NCBI NameLOC130987646
原始查询SmilChr06G000099

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述AAA-ATPase ASD, mitochondrial-like
产物AAA-ATPase ASD%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT5G40010 (AATP1)
AAA-ATPase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833998]
identity=39; qcov=0.52; evalue=4.48e-14; confidence=low
RiceOs12g0639200
-
identity=30.4; qcov=0.534; evalue=2.86e-07; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF14363 (AAA_assoc)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987646

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057767228.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057767228.1
3 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057767228.1
4 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057767228.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767228.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:708041 TAC T 2bp_deletion frameshift_variant 4 A5,B117,C31,C9
Chr6:708041 TAC T 2bp_deletion CDS_variant 4 A5,B117,C31,C9
Chr6:708048 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B126,B129,B47
Chr6:708053 C CTG 2bp_insertion frameshift_variant 8 B118,B130,B36,B7,B95,C5,C77,D11
Chr6:708057 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B44,B81,C27,C47
Chr6:708088 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 2 C11,C69
Chr6:708088 CG C 1bp_deletion CDS_variant 2 C11,C69
Chr6:708105 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B129,B47
Chr6:708138 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr6:708145 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 6 B15,B17,B64,B91,C55,D7
Chr6:708153 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 4 B53,B95,C41,C77
Chr6:708153 TC T 1bp_deletion CDS_variant 4 B53,B95,C41,C77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767228.1
148 aa
N
1
74
148
AAA_assoc
C
PF14363 AAA_assoc 11-76 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767228.1 Pfam PF14363 AAA_assoc Family 11 76 1e-11 45.8 Domain associated at C-terminal with AAA

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911245.1
ATGTTCTTGAAAGCAACCTTCGAACAATACCTACCTCATGAGCTCAAAAGCTCCGTCGACAAACACTCACAGAAACTCTTCAATTTCTTCTCCCATTACATCCAAATCATGAGCTTCAACGAGTTCACCGGCGACCGCTTCAGGCGGAGCGACGTCTACGCCGCCATCGAGACCTACCTTAGCTCCACCTCCGCCACCCAGGTGCGGCGGCTCAAGGCCGATGCCGTCCGGGACAGCACGCCGGCGTCAAGGTCTGGTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987646
ATGTTCTTGAAAGCAACCTTCGAACAATACCTACCTCATGAGCTCAAAAGCTCCGTCGACAAACACTCACAGAAACTCTTCAATTTCTTCTCCCATTACATCCAAATCATGAGCTTCAACGAGTTCACCGGCGACCGCTTCAGGCGGAGCGACGTCTACGCCGCCATCGAGACCTACCTTAGCTCCACCTCCGCCACCCAGGTGCGGCGGCTCAAGGCCGATGCCGTCCGGGACAGCACGCCGGCGTCAAGGTCTGGTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767228.1
MFLKATFEQYLPHELKSSVDKHSQKLFNFFSHYIQIMSFNEFTGDRFRRSDVYAAIETYLSSTSATQVRRLKADAVRDSTPASRSGGGLRQARGQEPEVFLPTSKRRATTFLQPAAEALHQQRRRVEFEHPATFETLAMEPERKRGYQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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