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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000100

染色体: Chr06 坐标: 712115-714846 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000100
名称SmilChr06G000100
描述WAT1-related protein At4g30420
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向712115 - 714846 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987644
GeneID130987644
locus_tag-
NCBI NameLOC130987644
原始查询SmilChr06G000100

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述WAT1-related protein At4g30420
产物WAT1-related protein At4g30420
ArabidopsisAT4G30420 (UMAMIT34)
nodulin MtN21 /EamA-like transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829165]
identity=53; qcov=1.01; evalue=4.33e-134; confidence=high
RiceOs09g0426500 (OsUMAMIT14)
-
identity=46.6; qcov=1; evalue=1.14e-112; confidence=high
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity)
KEGG-
PfamPF00892 (EamA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987644

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057767224.1
2 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057767224.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057767224.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767224.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767224.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:712664 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B51,C15,C35,C73
Chr6:712674 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr6:712889 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,C45
Chr6:713081 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr6:713097 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 2 B32,C4
Chr6:713097 T TA 1bp_insertion CDS_variant 2 B32,C4
Chr6:713109 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B26
Chr6:713109 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 B26
Chr6:713374 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B29,B30,B4,C46,C7
Chr6:713464 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,B82
Chr6:713494 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B12,B65,B93,C60,D4
Chr6:713495 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767224.1
362 aa
N
1
181
362
EamA
EamA
C
PF00892 EamA 9-151 aa PF00892 EamA 182-319 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767224.1 Pfam PF00892 EamA Domain 9 151 1.3e-24 87.7 EamA-like transporter family
XP_057767224.1 Pfam PF00892 EamA Domain 182 319 1.3e-24 87.7 EamA-like transporter family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911241.1
GACATATATACACAATGTTAGAGACCTAGAGTATCACGGTTCTTTCTTTCTTAATTTATAAGTATTTATCAATATTTATATAGTTGGGATCAATTAATGATTGCTCTTCGTCTATAAAAGGAGAGATTGCTTTAAATGATGATATAAGAACATAATTTGATTTAAAGAAGAAGAAAAAAAATGGGGTTGGAAAATTATAAGCCCATAATAGTAATGGTTGGGTGCCAATTCATATATGCAGGAGTTACTCTAAGTGGGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987644
ATGGGGTTGGAAAATTATAAGCCCATAATAGTAATGGTTGGGTGCCAATTCATATATGCAGGAGTTACTCTAAGTGGGAGAGAAGCTCTTTTGCAGGATTTTAGCTCAAGAGTTTTTGTTGTTTACAGGCAAACTACTGCTTTCTTGCTCATTGCTCCTTTTGCTTATTTCTCAAGGAGAGGAACAAAGAGGTGTGAAGCCATGAACTGGAAGAGCTTCTGCTTGATAGCTTTGCTGTCTTTGATTGGTGTGACAATTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767224.1
MGLENYKPIIVMVGCQFIYAGVTLSGREALLQDFSSRVFVVYRQTTAFLLIAPFAYFSRRGTKRCEAMNWKSFCLIALLSLIGVTINQNVYFEGLYLASSSAASALSNLVPAITFTIAYFLRLEKVNLENVRSWAKIMGTVLCVSGAVLMALLKGPKLLNLEFLPTNSIFLQMVAQHDTWIIGCLFLLASAFCWSLWLILQVHVTACYPDHLSLTAWMCLIAAVQSAILTFIIEPDLDTWKLTSPFQLYCCFYAGLASAV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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