当前解析结果
SmilChr06G000110| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000110 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000110 |
| 描述 | transmembrane 9 superfamily member 12 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 773414 - 777887 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130987657 |
|---|---|
| GeneID | 130987657 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130987657 |
| 原始查询 | SmilChr06G000110 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | transmembrane 9 superfamily member 12 |
| 产物 | transmembrane 9 superfamily member 12 |
| Arabidopsis | AT4G12650 (AT4G12650)Endomembrane protein 70 protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826878] identity=85.8; qcov=0.98; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os08g0496900- identity=83.2; qcov=0.964; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0016020 (membrane); GO:0072657 (protein localization to membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02990 (EMP70) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130987657 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057767243.1 |
| 2 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.60000 | XP_057767243.1 |
| 3 | Trans-golgi network | Trans-golgi network | 0.40000 | XP_057767243.1 |
| 4 | Vacuole | 液泡 | 0.40000 | XP_057767243.1 |
| 5 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057767243.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:773810 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C22 |
Chr6:773915 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C78 |
Chr6:773918 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B32,B6,C4,C67,C9 |
Chr6:774107 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B86,C39,C48 |
Chr6:774140 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B13 |
Chr6:774437 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B95,C77 |
Chr6:774722 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C39,C48 |
Chr6:774737 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B101,B41,B56,B88,B96 |
Chr6:774776 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr6:774893 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B86 |
Chr6:775578 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A22,B82,C31,C34,C63 |
Chr6:775669 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 6 | A22,B58,B82,C31,C34,C63 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057767243.1PF02990
EMP70 59-612 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057767243.1 |
Pfam | PF02990 |
EMP70 | Family | 59 | 612 | 1.6e-181 | 605.2 | Endomembrane protein 70 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。