当前解析结果
SmilChr06G000126| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000126 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000126 |
| 描述 | pathogenesis-related protein PR-1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 890945 - 891892 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130987671 |
|---|---|
| GeneID | 130987671 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130987671 |
| 原始查询 | SmilChr06G000126 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | pathogenesis-related protein PR-1-like |
| 产物 | pathogenesis-related protein PR-1-like |
| Arabidopsis | AT4G30320 (AT4G30320)CAP (Cysteine-rich secretory proteins, Antigen 5, and Pathosis-related 1 protein) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829155] identity=54.1; qcov=0.94; evalue=3.45e-61; confidence=high |
| Rice | Os01g0382400 (OsPR1#012)- identity=53; qcov=0.994; evalue=4.22e-61; confidence=high |
| GO | GO:0005576 (extracellular region); GO:0005615 (GO:0005615) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00188 (CAP) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130987671 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057767262.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057767262.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057767262.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057767262.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057767262.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:891209 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B12,B17,B4,B49,C15 |
Chr6:891294 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr6:891320 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B107 |
Chr6:891321 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C16 |
Chr6:891326 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B102 |
Chr6:891374 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C1 |
Chr6:891420 |
GC |
* |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B1,B97 |
Chr6:891466 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057767262.1PF00188
CAP 36-155 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057767262.1 |
Pfam | PF00188 |
CAP | Domain | 36 | 155 | 5.4e-21 | 76.4 | Cysteine-rich secretory protein family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。