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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000128

染色体: Chr06 坐标: 897720-899822 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000128
名称SmilChr06G000128
描述transcription factor MYB36-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向897720 - 899822 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987674
GeneID130987674
locus_tag-
NCBI NameLOC130987674
原始查询SmilChr06G000128

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor MYB36-like
产物transcription factor MYB36-like
ArabidopsisAT5G57620 (MYB36)
myb domain protein 36 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835866]
identity=75.7; qcov=0.63; evalue=6.16e-91; confidence=high
RiceOs08g0248700
-
identity=70; qcov=0.665; evalue=4.91e-85; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00249 (Myb_DNA-binding); PF13921 (Myb_DNA-bind_6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987674

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057767264.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767264.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767264.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057767264.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057767264.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:897931 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:897936 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A9,B110,B54,B66,B94
Chr6:898338 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B72,C15,C26,D4
Chr6:898400 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B5
Chr6:898404 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A9,B33,B54,C46
Chr6:898413 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767264.1
281 aa
N
1
140
281
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
C
PF00249 Myb_DNA-binding 14-62 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 17-76 aa PF00249 Myb_DNA-binding 69-112 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 71-116 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767264.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 14 62 1.6e-31 108.8 Myb-like DNA-binding domain
XP_057767264.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 17 76 5.7e-19 68.8 Myb-like DNA-binding domain
XP_057767264.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 69 112 1.6e-31 108.8 Myb-like DNA-binding domain
XP_057767264.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 71 116 5.7e-19 68.8 Myb-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911281.1
GGGATGGGTAAGACTTTTTTGGTTTGTCCGAATGCAAGTGTATCACATCATCATCTCCCCACCTATAAATTGAGGTCTTCCACTCTGACATAAACAGATTAAAACACAAATCAAAGGTTTGAATTTGGTCGGAGAAATTGAGAAGAAATTAATAAAAATAAAATACTAAAAGATGGGGAGAGCTCCATGCTGTGACAAAGCCAATGTGAAGAAGGGGCCATGGTCTCCTGAGGAAGATTTCAAACTCAAATCATACATCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987674
ATGGGGAGAGCTCCATGCTGTGACAAAGCCAATGTGAAGAAGGGGCCATGGTCTCCTGAGGAAGATTTCAAACTCAAATCATACATCGATCAATTCGGCACCGGAAACAATTGGATTGCTCTTCCTCAGAAAATCGGGTTGAAGAGATGTGGGAAGAGTTGCAGGCTGAGATGGCTGAATTACTTGAGGCCCAACATCAAGCATGGTGGATTCACTGAGGAAGAAGACAACATTATTTGCAGCCTCTACATCAGCATAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767264.1
MGRAPCCDKANVKKGPWSPEEDFKLKSYIDQFGTGNNWIALPQKIGLKRCGKSCRLRWLNYLRPNIKHGGFTEEEDNIICSLYISIGSRWSIIAAQLPGRTDNDIKNYWNTRLKKKLLGRHRKPAPIPGQEAAGEDAFDLYNLSSSALERLQLHMQLQSLQNPLSLFNNHLQQKMIQTLDSLNPHQLIAPPAFGQAPMAEQINPLLLDEKSCGFAAAAEENLQTVGDDEFDCFKEMGGVERENLAWWCNEFEVKSTSSSS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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