Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000144`

染色体: Chr06 坐标: 1008096-1010506 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000144`
名称	SmilChr06G000144
描述	uncharacterized SmilChr06G000144
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	1008096 - 1010506 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987686`
GeneID	`130987686`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987686`
原始查询	`SmilChr06G000144`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	muniscin carboxy-terminal mu-like domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835851]; symbol=AT5G57460; hit=AT5G57460; species=arabidopsis; confidence=high
产物	muniscin carboxy-terminal mu-like domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835851]; symbol=AT5G57460; hit=AT5G57460; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G57460` (AT5G57460) muniscin carboxy-terminal mu-like domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835851] identity=67.6; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os08g0243900` - identity=57.2; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF10291 (muHD)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987686

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Clathrin-coated vesicle	Clathrin-coated vesicle	1.00000	`XP_057767278.1`
2	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057767278.1`
3	Trans-golgi network	Trans-golgi network	1.00000	`XP_057767278.1`
4	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.40000	`XP_057767278.1`
5	Endocytic vesicle	Endocytic vesicle	0.40000	`XP_057767278.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:1008386`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C36
`Chr6:1008415`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:1008490`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B46,C13,C53
`Chr6:1008665`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A3,C81
`Chr6:1008797`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C13
`Chr6:1008983`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B46,C53,C56,C65
`Chr6:1009223`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B120,B136,C36,C53,D1
`Chr6:1009307`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B45
`Chr6:1009325`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:1009356`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B63,B68,B81,C42,C51
`Chr6:1009567`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C14
`Chr6:1009814`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B120,B136,B49,C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767278.1

631 aa

316

631

muHD

PF10291 muHD 395-609 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767278.1`	Pfam	`PF10291`	muHD	Domain	395	609	2.7e-11	44.2	Muniscin C-terminal mu homology domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911295.1
CAAAATCCATGGTAAGTTTCAATCGTCTGAAGCAGCCAGTAAAACACCTTCCGCATCTGATTTGTACCACCTGCACTATAAACTTGTACATTTCTCCCCGATCCGCGACGCCGCCGCCGGAAAATCACTGATCTCCAGCTCCGGAGACTCCTCCGCCACCTGAATCCTCACATTTCGAATTCATAATTCTCTTCGCTGGGAAAACCAAAAACCCCCAATTCCAAACCTCCCCCAATCTGAATCAGTCGATCCGCAACCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987686
ATGTCGTGTTTAGCCCTAGCTCTTCAACCCGCAAATGGGCCCGACATACTGCTCCAGACGCGGGAGTGGTTCCCTCCTTCGCGCGCGCTCGTGGCTCTTTCCGCCTTCCGCGGGACCCGCCACTCCTTCGCGAAGAATCAGCAGCACACCGCCGATCCCTCCGCCGATTCTCTCGGCGACGATCCGCTGGCTGCCTCATCCGGCCAGGTGATTGTCGGCGCCGAGTCGCGCTATCGCGTTGTGTACCGTCTAGTTAATTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057767278.1
MSCLALALQPANGPDILLQTREWFPPSRALVALSAFRGTRHSFAKNQQHTADPSADSLGDDPLAASSGQVIVGAESRYRVVYRLVNSIYVLGVTTIDDSNNNVFECIHIVNQAVSVIVTACRGVDVTPEKLGKKYAEVYMALDIVLRGVSSIRLAAMLASMHGEGIAKMVHSAVQTESKIRGADSWGSVEPQAADHEAGVESFSQASFELPAETLEAGDEVAATLAIIQPVEEKELPKVEEAEEEKDPFAASDRISKPEE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器