当前解析结果
SmilChr06G000154| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000154 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000154 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G000154 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 1077922 - 1079214 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130987698 |
|---|---|
| GeneID | 130987698 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130987698 |
| 原始查询 | SmilChr06G000154 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | transmembrane protein (DUF872) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829107]; symbol=AT4G29850; hit=AT4G29850; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | transmembrane protein (DUF872) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829107]; symbol=AT4G29850; hit=AT4G29850; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT4G29850 (AT4G29850)transmembrane protein (DUF872) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829107] identity=77.7; qcov=1; evalue=6.86e-55; confidence=high |
| Rice | Os02g0176400- identity=64.1; qcov=1; evalue=2.97e-36; confidence=medium |
| GO | GO:0012505 (endomembrane system) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05915 (TMEM_230_134) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130987698 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 1.00000 | XP_057767300.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.80000 | XP_057767300.1 |
| 3 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.60000 | XP_057767300.1 |
| 4 | Trans-golgi network | Trans-golgi network | 0.40000 | XP_057767300.1 |
| 5 | Cytoplasmic vesicle | 细胞质囊泡 | 0.20000 | XP_057767300.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:1078940 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C53 |
Chr6:1078994 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B124,D6 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057767300.1PF05915
TMEM_230_134 29-102 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057767300.1 |
Pfam | PF05915 |
TMEM_230_134 | Family | 29 | 102 | 1.2e-16 | 61.6 | Transmembrane proteins 230/134 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。