Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000169`

染色体: Chr06 坐标: 1172355-1176043 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000169`
名称	SmilChr06G000169
描述	NADH--cytochrome b5 reductase 1-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	1172355 - 1176043 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987719`
GeneID	`130987719`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987719`
原始查询	`SmilChr06G000169`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	NADH--cytochrome b5 reductase 1-like
产物	NADH--cytochrome b5 reductase 1-like
Arabidopsis	`AT5G17770` (CBR) NADH:cytochrome B5 reductase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831645] identity=82.9; qcov=0.9; evalue=7.42e-161; confidence=high
Rice	`Os01g0814900` (NFR) - identity=80.2; qcov=0.9; evalue=6.39e-160; confidence=high
GO	GO:0004128 (cytochrome-b5 reductase activity, acting on NAD(P)H); GO:0022900 (electron transport chain)
KEGG	smil00541 (Biosynthesis of various nucleotide sugars - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00175 (NAD_binding_1); PF00970 (FAD_binding_6)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987719

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057767346.1`
2	Mitochondrion membrane	线粒体膜	0.80000	`XP_057767346.1`
3	Mitochondrion outer membrane	线粒体外膜	0.60000	`XP_057767346.1`
4	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057767346.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057767346.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:1172854`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr6:1174619`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B130,B99,C1,C5
`Chr6:1174784`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr6:1175021`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A3,B67,C37
`Chr6:1175615`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B67
`Chr6:1175828`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr6:1175836`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B101,B26,B49,C40

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767346.1

280 aa

140

280

FAD_binding_6

NAD_binding_1

PF00970 FAD_binding_6 49-147 aa PF00175 NAD_binding_1 157-263 aa

XP_057767347.1

280 aa

140

280

FAD_binding_6

NAD_binding_1

PF00970 FAD_binding_6 49-147 aa PF00175 NAD_binding_1 157-263 aa

XP_057767348.1

280 aa

140

280

FAD_binding_6

NAD_binding_1

PF00970 FAD_binding_6 49-147 aa PF00175 NAD_binding_1 157-263 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767346.1`	Pfam	`PF00970`	FAD_binding_6	Domain	49	147	4.9e-35	120.6	Oxidoreductase FAD-binding domain
`XP_057767346.1`	Pfam	`PF00175`	NAD_binding_1	Domain	157	263	5.1e-30	105.1	Oxidoreductase NAD-binding domain
`XP_057767347.1`	Pfam	`PF00970`	FAD_binding_6	Domain	49	147	4.9e-35	120.6	Oxidoreductase FAD-binding domain
`XP_057767347.1`	Pfam	`PF00175`	NAD_binding_1	Domain	157	263	5.1e-30	105.1	Oxidoreductase NAD-binding domain
`XP_057767348.1`	Pfam	`PF00970`	FAD_binding_6	Domain	49	147	4.9e-35	120.6	Oxidoreductase FAD-binding domain
`XP_057767348.1`	Pfam	`PF00175`	NAD_binding_1	Domain	157	263	5.1e-30	105.1	Oxidoreductase NAD-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911364.1
AGTGAGACAGTGGAAATGGTAGGTGACAATTTTCAAGCCGTGTGCAACTGCCGATACTATAAACAAGTATTTTCATCGCAGTCTTACTATATAACGATTCAAACACTAGATCCCTTTTCATTCTTTGATTTTTATCATCCCCTTCTCTCATCGCCACTTTCATTCGGTGTTGTTTTAGCGTTATGGGCGCGTTTGATTTCTTGGGAACACCTGAAGGTCAACTGTTTCTAGCCGTTGCAGTCGGTCTTGTTGGAGTTGGT...

XM_057911363.1
GACAGTGGAAATGGTAGGTGACAATTTTCAAGCCGTGTGCAACTGCCGATACTATAAACAAGTGTTGTTTTAGCGTTATGGGCGCGTTTGATTTCTTGGGAACACCTGAAGGTCAACTGTTTCTAGCCGTTGCAGTCGGTCTTGTTGGAGTTGGTGCTGCTTATTTCTTGCTATCCTCGAAGAAGCCCAAAGTGTGCTTGGATCCCGATAATTTCAAGGAGTTCAAGCTGGTGAAGAAAACACAACTTAGTCATAATGTG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC130987719
ATGGGCGCGTTTGATTTCTTGGGAACACCTGAAGGTCAACTGTTTCTAGCCGTTGCAGTCGGTCTTGTTGGAGTTGGTGCTGCTTATTTCTTGCTATCCTCGAAGAAGCCCAAAGTGTGCTTGGATCCCGATAATTTCAAGGAGTTCAAGCTGGTGAAGAAAACACAACTTAGTCATAATGTGGCTAAGTTCAGATTTGCTCTTCCTACGCCAACCTCGGTATTGGGACTTCCTATAGGCCAACACATAAGCTGCAAGGG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057767346.1
MGAFDFLGTPEGQLFLAVAVGLVGVGAAYFLLSSKKPKVCLDPDNFKEFKLVKKTQLSHNVAKFRFALPTPTSVLGLPIGQHISCKGKDGQGEEVIKPYTPTTLDSDVGYFELVIKMYPQGRMSHHFREMQEGDYLAIKGPKGRFKYQPNQVRAFGMIAGGSGITPMFQVARAVLENPSDKTKVHLIYANVMFEDILLKDELDNLARTYPDTFKIYYVLNQPPEIWEGGVGFVSKEMIEAHLPAPASDIQMLRCGPPPMN...

XP_057767347.1
MGAFDFLGTPEGQLFLAVAVGLVGVGAAYFLLSSKKPKVCLDPDNFKEFKLVKKTQLSHNVAKFRFALPTPTSVLGLPIGQHISCKGKDGQGEEVIKPYTPTTLDSDVGYFELVIKMYPQGRMSHHFREMQEGDYLAIKGPKGRFKYQPNQVRAFGMIAGGSGITPMFQVARAVLENPSDKTKVHLIYANVMFEDILLKDELDNLARTYPDTFKIYYVLNQPPEIWEGGVGFVSKEMIEAHLPAPASDIQMLRCGPPPMN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器