当前解析结果
SmilChr06G000170| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000170 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000170 |
| 描述 | probable arabinosyltransferase ARAD1 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 1176854 - 1180048 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130987716 |
|---|---|
| GeneID | 130987716 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130987716 |
| 原始查询 | SmilChr06G000170 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable arabinosyltransferase ARAD1 |
| 产物 | probable arabinosyltransferase ARAD1 |
| Arabidopsis | AT3G45400 (AT3G45400)exostosin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823678] identity=60.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0324700- identity=57.8; qcov=0.943; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0006486 (GO:0006486); GO:0016757 (glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03016 (Exostosin_GT47) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130987716 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057767335.1 |
| 2 | Golgi stack | 高尔基堆 | 0.20000 | XP_057767335.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057767335.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057767335.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057767335.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:1177539 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr6:1177559 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr6:1177944 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C64 |
Chr6:1177997 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B124,B48,D5 |
Chr6:1177998 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C23 |
Chr6:1178009 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B84 |
Chr6:1178120 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B101,B127,B26,B49,C40 |
Chr6:1178160 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B94 |
Chr6:1178243 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr6:1178304 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A10 |
Chr6:1179257 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr6:1179270 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C87 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057767335.1PF03016
Exostosin_GT47 83-393 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057767335.1 |
Pfam | PF03016 |
Exostosin_GT47 | Domain | 83 | 393 | 1.9e-60 | 205.4 | Exostosin GT47 domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。