Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000176`

染色体: Chr06 坐标: 1215975-1217718 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000176`
名称	SmilChr06G000176
描述	uncharacterized SmilChr06G000176
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	1215975 - 1217718 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990031`
GeneID	`130990031`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990031`
原始查询	`SmilChr06G000176`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os06g0523701` - identity=36; qcov=0.489; evalue=1.54e-42; confidence=medium
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990031

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057770217.1`
2	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057770217.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057770217.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057770217.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057770217.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:1216015`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B77
`Chr6:1216035`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,C55
`Chr6:1216049`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A9,B41,B71,C27
`Chr6:1216058`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B33,C61
`Chr6:1216070`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A21,B4,B96,C32,C57
`Chr6:1216082`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr6:1216094`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B71,C61
`Chr6:1216094`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B71,C61
`Chr6:1216108`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A8,B103,B42,B98,D5
`Chr6:1216143`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	13	A14,B109,B113,B138,B3,B47,B54,B90,C30,C41,C69,D4,D5
`Chr6:1216152`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B123,C16
`Chr6:1216154`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B139,B98

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914234.1
ATGGCTAGAAGAAAGGATCTTTCTTCCTTTGAGAGGGCAGCCATACTTCAATTTCTTCTTGAAGGGAGCAAAAACGGCAAACCGGGCAGAGGGAAGCTCACTGCAGCGGTGCAAAAGTGGAAGAGTTCCCGCCGGACCATTAGTCGACTTTGGGCAGCTGCAAAAAAGCAAAAAGATCGTGGTGAGGTAATTAGTTGTTTGAGTAAAAAACCTTCAAATCCAAGAAGAAAAAGGGTAGAAATTGATTTAGGATTAATTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990031
ATGGCTAGAAGAAAGGATCTTTCTTCCTTTGAGAGGGCAGCCATACTTCAATTTCTTCTTGAAGGGAGCAAAAACGGCAAACCGGGCAGAGGGAAGCTCACTGCAGCGGTGCAAAAGTGGAAGAGTTCCCGCCGGACCATTAGTCGACTTTGGGCAGCTGCAAAAAAGCAAAAAGATCGTGGTGAGGTAATTAGTTGTTTGAGTAAAAAACCTTCAAATCCAAGAAGAAAAAGGGTAGAAATTGATTTAGGATTAATTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770217.1
MARRKDLSSFERAAILQFLLEGSKNGKPGRGKLTAAVQKWKSSRRTISRLWAAAKKQKDRGEVISCLSKKPSNPRRKRVEIDLGLIASIDLTKRSTIRRLACGIGCSKTTVGRWIQSGLIRAHTNAIKPDLTAPNKLLRLRFSLEALEWDRIVRSLSFKSMHNTVHIDEKWFYITKTSQRFYLTPEETEPHRTCKSKKFIQKVMFMCALCRPVFDDDGSCLFDGKIGIFPFTELVPAKRKSKNRAAGTMELKPIQSITKE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器