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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000184

染色体: Chr06 坐标: 1272280-1274241 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000184
名称SmilChr06G000184
描述uncharacterized SmilChr06G000184
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向1272280 - 1274241 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987731
GeneID130987731
locus_tag-
NCBI NameLOC130987731
原始查询SmilChr06G000184

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os01g0810200; species=rice; confidence=high
产物hit=Os01g0810200; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT3G56820 (AT3G56820)
RmlC-type cupin [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824849]
identity=57.7; qcov=0.86; evalue=2.06e-68; confidence=high
RiceOs01g0810200
-
identity=52; qcov=0.826; evalue=2.09e-70; confidence=high
GOGO:0005768 (endosome); GO:0005802 (trans-Golgi network)
KEGG-
PfamPF14667 (Polysacc_synt_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987731

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057767361.1
2 Golgi apparatus 高尔基体 0.80000 XP_057767361.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057767361.1
4 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057767361.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767361.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767361.1
242 aa
N
1
121
242
Polysacc_synt_C
C
PF14667 Polysacc_synt_C 139-215 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767361.1 Pfam PF14667 Polysacc_synt_C Domain 139 215 3.4e-07 31.1 Polysaccharide biosynthesis C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911378.1
AACTACATTACCTCTATTTTTATTTAATGTTGAATATAGTCAGTTCTATGGAGAATAGAACTGAAAATAGATAATTGCATTTTGGCCCCGTAAATTTCACTATTTCGTTTAGAGCCCCTAAAAAAGGAGAACATCTGCCATTACGCCCCCATCCCTCAAAACAAACCAAAATCAAAATTAAGCAAAACACTACCGCAGAAAAATCATGAAAATCCAGTGAAAATTTTAGCTCCTCAAATTCTCGGAATCGACGTCAATGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987731
ATGGCGAACCCTAGAAGACCATCCTATTCCTCGTACCCGCTCCCGATATCCGACCCGATTCCGAACTCGATTCCGCAGTTCCAGCCTCAAACCCCACAAGCAGCGTCGACTGTTTTGAATTCGCTCAAGATTTTCCTCAAGAAGCCTCACGCATTCCCGTTTCTGCTCTCAATCTTCTGTCTTCTCGCATGGGTTTCGCTCAGATTGCAGCATCGTCACAGTCATCAGCCGTTTCGCCAATCGCCGTATACTGTTTTAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767361.1
MANPRRPSYSSYPLPISDPIPNSIPQFQPQTPQAASTVLNSLKIFLKKPHAFPFLLSIFCLLAWVSLRLQHRHSHQPFRQSPYTVLNDKNGGYSKDSSGNLVKFSSVSSPVTKDKRGWLIDPISAALDYGVSGGAVSCASVHVGEIRPGTLRGNHRHHTCNETFVIWGAKTVLRLENKELAIGYSEVTVGTDEVAVVASPSGSAHALMNVDTIRSTFFMGCQDVVVNYNGSATDFHVWKDLS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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