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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000190

染色体: Chr06 坐标: 1312649-1315219 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000190
名称SmilChr06G000190
描述protein DETOXIFICATION 21-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向1312649 - 1315219 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987738
GeneID130987738
locus_tag-
NCBI NameLOC130987738
原始查询SmilChr06G000190

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein DETOXIFICATION 21-like
产物protein DETOXIFICATION 21-like
ArabidopsisAT1G33110 (AT1G33110)
MATE efflux family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840207]
identity=53.2; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0126100
-
identity=55.5; qcov=0.964; evalue=9.24e-176; confidence=high
GOGO:0015297 (antiporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0042910 (xenobiotic transmembrane transporter activity); GO:1990961 (xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane)
KEGG-
PfamPF01554 (MatE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987738

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057767371.1
2 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057767371.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.40000 XP_057767371.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767371.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767371.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:1312902 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B72,C36
Chr6:1313191 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B68,C12
Chr6:1313209 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 4 B33,B35,B55,C23
Chr6:1313209 C CA 1bp_insertion CDS_variant 4 B33,B35,B55,C23
Chr6:1313243 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B118,B64,B85,C67
Chr6:1313370 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A25,B76,C22,C64,C66
Chr6:1313386 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B98,D2
Chr6:1313387 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B98,D2
Chr6:1313446 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B45,C74
Chr6:1313481 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B11,D2,D5
Chr6:1313520 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B7,C51,C85
Chr6:1313535 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767371.1
475 aa
N
1
238
475
MatE
MatE
C
PF01554 MatE 29-189 aa PF01554 MatE 252-411 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767371.1 Pfam PF01554 MatE Family 29 189 1.5e-51 175.0 MatE
XP_057767371.1 Pfam PF01554 MatE Family 252 411 1.5e-51 175.0 MatE

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911388.1
CATTTAAACTCTACTGTATGTAGTTTGCTTGCATTTCGTATGAACTCAACATCACTTAAGTCGTTTCGTTTATCTGATAAAAGGCGAGTGCAGTGATCATGGCTTGATGAATTCTGCCCCCTCTCTCCATTTTGCATCAATTTTTTCATTTCACTAGTATTGAAACATCATTGATTTTTCTTCGTTTTGTGGCACGAGATAGATCAAATTAGGTGAGAGCTCCATCTCAATCCAATGGAAGGCGAGATCCACGAGAAACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987738
ATGGAAGGCGAGATCCACGAGAAACAGGAGAGTCTGAAGAAGAAGATATGGGATGAGAACAAGAAAATGTGGATTGTTTCTGGCCCAGCCATCTTGAGCCGAGTCTCGACATTTGGTGTTCATGTCGTCAGCCAAGCGTTCATAGGCCATTTCAGCTCCTCAGAGCTCGCTGCCTATGCCCTCGTCTTCACTATCCTCTTCAGATTCTACCTTGGCACACTGATGGGCGTAAATGGTGGGCTGGGAACGCTCTGTGGCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767371.1
MEGEIHEKQESLKKKIWDENKKMWIVSGPAILSRVSTFGVHVVSQAFIGHFSSSELAAYALVFTILFRFYLGTLMGVNGGLGTLCGQAYGAKQYHKLGTYLQQQWLILLVITALLSPLFVFAAPILKALGQDEHIAEGARTLALWFIPVIFLYAICYSCNTYLQAQSKNFILSCFAVLSFLQHILVSWLLAVKFEFGVGGVMVSTVLAYLVPNVGQLAYIMCGGCRETWRGFTTACFEDLGLIIKLSFSSGVMICLEFCY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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