当前解析结果
SmilChr06G000200| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000200 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000200 |
| 描述 | family of serine hydrolases 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 1378909 - 1381182 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130987746 |
|---|---|
| GeneID | 130987746 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130987746 |
| 原始查询 | SmilChr06G000200 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | family of serine hydrolases 2-like |
| 产物 | family of serine hydrolases 2-like |
| Arabidopsis | AT4G24380 (AT4G24380)dihydrofolate reductase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828540] identity=45.7; qcov=0.699; evalue=3.41e-69; confidence=high |
| Rice | Os07g0687100 (OJ1200_C08.123)- identity=78; qcov=0.597; evalue=1.57e-123; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03959 (FSH1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130987746 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057767380.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057767380.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057767380.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057767380.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057767380.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:1378966 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C56,C85 |
Chr6:1378969 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C35,D5 |
Chr6:1379418 |
ACT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 40 | A21,B100,B103,B11,B126,B127,B13,B28,B34,B36,B4,B40,B47,B52,B57,B67,B73,B75,B88,B89,B95,B97,C11,C24,C27,C34,C38,C39,C41,C45,C51,C52,C57,C69,C71,C72,C74,C85,D4,D8 |
Chr6:1379476 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C87 |
Chr6:1379476 |
TA |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C87 |
Chr6:1379555 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B137 |
Chr6:1380494 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B1,B75,C17 |
Chr6:1380858 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A20,B10 |
Chr6:1380941 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C2,C32,C68 |
Chr6:1381042 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C17 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057767380.1PF03959
FSH1 82-273 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057767380.1 |
Pfam | PF03959 |
FSH1 | Domain | 82 | 273 | 9e-50 | 170.0 | Serine hydrolase (FSH1) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。