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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000203

染色体: Chr06 坐标: 1389887-1393318 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000203
名称SmilChr06G000203
描述hypersensitive-induced response protein 2
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向1389887 - 1393318 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987751
GeneID130987751
locus_tag-
NCBI NameLOC130987751
原始查询SmilChr06G000203

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hypersensitive-induced response protein 2
产物hypersensitive-induced response protein 2
ArabidopsisAT5G62740 (HIR1)
SPFH/Band 7/PHB domain-containing membrane-associated protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836395]
identity=85.3; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0398400 (OsHIR1)
-
identity=85.8; qcov=0.983; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF01145 (Band_7)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987751

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057767385.1
2 Membrane raft 膜筏 0.20000 XP_057767385.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057767385.1
4 Vesicle 囊泡 0.20000 XP_057767385.1
5 Endosome 内体 0.20000 XP_057767385.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:1390171 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr6:1390173 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B25,D11
Chr6:1390188 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:1390389 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr6:1390404 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr6:1390452 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,B68
Chr6:1392117 AAG A 2bp_deletion frameshift_variant 87 A10,A11,A15,A2,A22,A23,A3,A5,B1,B10,B101,B107,B114,B115,B117,B12,B122,B125,B130,B132,B133,B134,B136,B15,B17,B18,B19,B20,B27,B28,B3,B37,B38,B39,B4,B44,B48,B49,B54,B58,B63,B64,B7,B72,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B8,B81,B83,B86,B87,B9,B98,C12,C14,C15,C18,C20,C21,C29,C36,C37,C4,C41,C42,C43,C44,C49,C5,C58,C6,C60,C61,C7,C70,C79,C81,C9,D10,D3,D6,D7,D9
Chr6:1392120 G GAA 2bp_insertion frameshift_variant 68 A10,A11,A22,A23,A3,A5,B1,B10,B101,B107,B117,B12,B122,B125,B130,B132,B133,B134,B136,B15,B17,B18,B19,B20,B27,B3,B37,B44,B48,B49,B58,B63,B64,B7,B72,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B8,B81,B83,B9,B98,C12,C14,C15,C18,C20,C21,C29,C36,C43,C44,C49,C5,C58,C6,C61,C70,C81,C9,D10,D3,D6,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767385.1
287 aa
N
1
144
287
Band_7
C
PF01145 Band_7 9-182 aa
XP_057767386.1
287 aa
N
1
144
287
Band_7
C
PF01145 Band_7 9-182 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767385.1 Pfam PF01145 Band_7 Domain 9 182 2e-29 103.6 SPFH domain / Band 7 family
XP_057767386.1 Pfam PF01145 Band_7 Domain 9 182 2e-29 103.6 SPFH domain / Band 7 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911402.1
ACATAGTGGGATAACCACATTTATGCGTTGACAGAGAGAAGATACAAAATGGTGGTCGTGCAAACTTCCGCTGTTTCTCTCCTCAATATTTACAGATAATTAGTATTTATAAATAGCTTCCCATAATAACACTCGCTACTATTTTTCATCAGGAATTGTAAAACCCAGTTGAAAATTCCCGAGCTACCTCTTTTTGCTCTGTCAACGATCAGTTGTCTATACTGAAAAATGGGTCAAATGCTTGGTTGCGTTCAAGTGGA...
XM_057911403.1
TTCACACTGTTCCAGATCAGTTGTCTATACTGAAAAATGGGTCAAATGCTTGGTTGCGTTCAAGTGGATCAGTCTACTGTTGCTGTGAAGGAACAATTTGGCAAGTTTGAAGAGGTGCTTGAGCCTGGCTGCCATTGCCTGCCATGGTGTTTTGGCTACCAATTGGCTGGTACCTTATCATTACGTCTACAGCAGCTCGATGTTCGTTGCGAAACAAAAACTAAGGACAATGTGTTCGTCAATGTGGTTGCTTCAATCCA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130987751
ATGGGTCAAATGCTTGGTTGCGTTCAAGTGGATCAGTCTACTGTTGCTGTGAAGGAACAATTTGGCAAGTTTGAAGAGGTGCTTGAGCCTGGCTGCCATTGCCTGCCATGGTGTTTTGGCTACCAATTGGCTGGTACCTTATCATTACGTCTACAGCAGCTCGATGTTCGTTGCGAAACAAAAACTAAGGACAATGTGTTCGTCAATGTGGTTGCTTCAATCCAGTACCGAGCATTGGCTGACAAAGCATCTGATGCGTT...
LOC130987751
ATGGGTCAAATGCTTGGTTGCGTTCAAGTGGATCAGTCTACTGTTGCTGTGAAGGAACAATTTGGCAAGTTTGAAGAGGTGCTTGAGCCTGGCTGCCATTGCCTGCCATGGTGTTTTGGCTACCAATTGGCTGGTACCTTATCATTACGTCTACAGCAGCTCGATGTTCGTTGCGAAACAAAAACTAAGGACAATGTGTTCGTCAATGTGGTTGCTTCAATCCAGTACCGAGCATTGGCTGACAAAGCATCTGATGCGTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057767385.1
MGQMLGCVQVDQSTVAVKEQFGKFEEVLEPGCHCLPWCFGYQLAGTLSLRLQQLDVRCETKTKDNVFVNVVASIQYRALADKASDAFYKLSNTKEQIQAYVFDVIRASVPKLDLDSTFEQKDDIARAVENELEKAMSAYGFEIVQTLIVDIEPDAQVKRAMNEINAAARLRLAATEKAEAEKILQIKRAEGEAESKYLSGLGIARQRQAIVDGLRESVLAFSENVPGTSSKDVMDMVLVTQYFDTMKEIGASSKSSAVFI...
XP_057767386.1
MGQMLGCVQVDQSTVAVKEQFGKFEEVLEPGCHCLPWCFGYQLAGTLSLRLQQLDVRCETKTKDNVFVNVVASIQYRALADKASDAFYKLSNTKEQIQAYVFDVIRASVPKLDLDSTFEQKDDIARAVENELEKAMSAYGFEIVQTLIVDIEPDAQVKRAMNEINAAARLRLAATEKAEAEKILQIKRAEGEAESKYLSGLGIARQRQAIVDGLRESVLAFSENVPGTSSKDVMDMVLVTQYFDTMKEIGASSKSSAVFI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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