当前解析结果
SmilChr06G000203| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000203 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000203 |
| 描述 | hypersensitive-induced response protein 2 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 1389887 - 1393318 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130987751 |
|---|---|
| GeneID | 130987751 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130987751 |
| 原始查询 | SmilChr06G000203 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hypersensitive-induced response protein 2 |
| 产物 | hypersensitive-induced response protein 2 |
| Arabidopsis | AT5G62740 (HIR1)SPFH/Band 7/PHB domain-containing membrane-associated protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836395] identity=85.3; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os08g0398400 (OsHIR1)- identity=85.8; qcov=0.983; evalue=0; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01145 (Band_7) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130987751 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057767385.1 |
| 2 | Membrane raft | 膜筏 | 0.20000 | XP_057767385.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057767385.1 |
| 4 | Vesicle | 囊泡 | 0.20000 | XP_057767385.1 |
| 5 | Endosome | 内体 | 0.20000 | XP_057767385.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:1390171 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C85 |
Chr6:1390173 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B25,D11 |
Chr6:1390188 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr6:1390389 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C85 |
Chr6:1390404 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B69 |
Chr6:1390452 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A10,B68 |
Chr6:1392117 |
AAG |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 87 | A10,A11,A15,A2,A22,A23,A3,A5,B1,B10,B101,B107,B114,B115,B117,B12,B122,B125,B130,B132,B133,B134,B136,B15,B17,B18,B19,B20,B27,B28,B3,B37,B38,B39,B4,B44,B48,B49,B54,B58,B63,B64,B7,B72,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B8,B81,B83,B86,B87,B9,B98,C12,C14,C15,C18,C20,C21,C29,C36,C37,C4,C41,C42,C43,C44,C49,C5,C58,C6,C60,C61,C7,C70,C79,C81,C9,D10,D3,D6,D7,D9 |
Chr6:1392120 |
G |
GAA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 68 | A10,A11,A22,A23,A3,A5,B1,B10,B101,B107,B117,B12,B122,B125,B130,B132,B133,B134,B136,B15,B17,B18,B19,B20,B27,B3,B37,B44,B48,B49,B58,B63,B64,B7,B72,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B8,B81,B83,B9,B98,C12,C14,C15,C18,C20,C21,C29,C36,C43,C44,C49,C5,C58,C6,C61,C70,C81,C9,D10,D3,D6,D7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057767385.1PF01145
Band_7 9-182 aa
XP_057767386.1PF01145
Band_7 9-182 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057767385.1 |
Pfam | PF01145 |
Band_7 | Domain | 9 | 182 | 2e-29 | 103.6 | SPFH domain / Band 7 family |
XP_057767386.1 |
Pfam | PF01145 |
Band_7 | Domain | 9 | 182 | 2e-29 | 103.6 | SPFH domain / Band 7 family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。