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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000205

染色体: Chr06 坐标: 1398417-1400332 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000205
名称SmilChr06G000205
描述probable aquaporin SIP2-1
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向1398417 - 1400332 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987754
GeneID130987754
locus_tag-
NCBI NameLOC130987754
原始查询SmilChr06G000205

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable aquaporin SIP2-1
产物probable aquaporin SIP2-1
ArabidopsisAT3G56950 (SIP2;1)
small and basic intrinsic protein 2;1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824862]
identity=56.5; qcov=0.939; evalue=2.14e-96; confidence=high
RiceOs03g0320000 (OsSIP1)
-
identity=45.7; qcov=0.939; evalue=9.38e-65; confidence=high
GOGO:0015267 (channel activity); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00230 (MIP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987754

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057767389.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057767389.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057767389.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767389.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767389.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:1398699 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr6:1398742 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B15,C49
Chr6:1398812 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr6:1398858 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr6:1399714 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr6:1399728 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C56,C65
Chr6:1399812 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr6:1399827 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr6:1399923 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr6:1400045 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B128
Chr6:1400081 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B117,B52,B93,D2
Chr6:1400086 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767389.1
247 aa
N
1
124
247
MIP
C
PF00230 MIP 5-219 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767389.1 Pfam PF00230 MIP Family 5 219 4.4e-08 33.9 Major intrinsic protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911406.1
ATCCGACAATTGCACAAAGGTTTCGACCCTCACTTCGTTGTAGATTCTCCGAAAAACACCACAAGATTCCCATTCCAACTCAACTAAACTCAACTCGTCCTTTATTGGTCAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGCTCGCTCTGACGTTTCTTGTAGATTAGAGAGCGAGAGAGCGTCAGCAATGGCGGGAGGGTGGCGGCTGCTAGCTGCGGATTTCGCGATGTCTTTTATGTGGGTGTGGTCGAGCGTCCTAAACAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987754
ATGGCGGGAGGGTGGCGGCTGCTAGCTGCGGATTTCGCGATGTCTTTTATGTGGGTGTGGTCGAGCGTCCTAAACAAGATTTTGGTGCACAGAATATTGGGCTATGGAGCTCACGATCTCGACGGCCAAATCGTCAGATACGCTCTCTCCATTCTCAACATGTTCTTCTTCGCTCTCATGGTCAAGCTCACCAAAGGTGGGGCCTACAACCCCCTCTCCCTCCTCTCCGCCGCCTTCACCGGCGATTTCTCCAATTTCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767389.1
MAGGWRLLAADFAMSFMWVWSSVLNKILVHRILGYGAHDLDGQIVRYALSILNMFFFALMVKLTKGGAYNPLSLLSAAFTGDFSNFLFTLGARVPAQVVGAIYGVRLILDTFPGIGRGPVLNVSIAKGALTEGLLTFCIVFISIGLARKVKDSFFRKTWISSLSKLTLHTLGADLTGGCMNPASVMGWAFANGEHITKEHLVVYWLAPVQATFAAVWVFGLLARGKNNEEKSVAAKKDATTKLKSAD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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