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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000209

染色体: Chr06 坐标: 1414237-1418527 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000209
名称SmilChr06G000209
描述alpha-L-arabinofuranosidase 1-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向1414237 - 1418527 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987757
GeneID130987757
locus_tag-
NCBI NameLOC130987757
原始查询SmilChr06G000209

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述alpha-L-arabinofuranosidase 1-like
产物alpha-L-arabinofuranosidase 1-like
ArabidopsisAT3G10740 (ASD1)
alpha-L-arabinofuranosidase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820243]
identity=60.4; qcov=0.982; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0131900 (OsARAF3)
-
identity=61.8; qcov=0.931; evalue=0; confidence=high
GOGO:0046373 (L-arabinose metabolic process); GO:0046556 (alpha-L-arabinofuranosidase activity)
KEGGsmil00520 (Amino sugar and nucleotide sugar metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF06964 (Alpha-L-AF_C); PF22848 (ASD1_dom)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987757

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057767395.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767395.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767395.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767395.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057767395.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:1414998 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B76
Chr6:1415044 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,B122
Chr6:1415071 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr6:1415494 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132
Chr6:1415535 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 A11
Chr6:1415535 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 A11
Chr6:1415573 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr6:1415579 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:1415684 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr6:1415862 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B126
Chr6:1415878 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,A13,C10,C73
Chr6:1415886 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B114,B73,C47,C71,C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767395.1
671 aa
N
1
336
671
ASD1_dom
Alpha-L-AF_C
C
PF22848 ASD1_dom 250-451 aa PF06964 Alpha-L-AF_C 465-646 aa
XP_057767396.1
671 aa
N
1
336
671
ASD1_dom
Alpha-L-AF_C
C
PF22848 ASD1_dom 250-451 aa PF06964 Alpha-L-AF_C 465-646 aa
XP_057767397.1
671 aa
N
1
336
671
ASD1_dom
Alpha-L-AF_C
C
PF22848 ASD1_dom 250-451 aa PF06964 Alpha-L-AF_C 465-646 aa
XP_057767398.1
671 aa
N
1
336
671
ASD1_dom
Alpha-L-AF_C
C
PF22848 ASD1_dom 250-451 aa PF06964 Alpha-L-AF_C 465-646 aa
XP_057767399.1
671 aa
N
1
336
671
ASD1_dom
Alpha-L-AF_C
C
PF22848 ASD1_dom 250-451 aa PF06964 Alpha-L-AF_C 465-646 aa
XP_057767400.1
671 aa
N
1
336
671
ASD1_dom
Alpha-L-AF_C
C
PF22848 ASD1_dom 250-451 aa PF06964 Alpha-L-AF_C 465-646 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767395.1 Pfam PF22848 ASD1_dom Domain 250 451 2.5e-54 184.8 Alpha-L-arabinofuranosidase 1 domain
XP_057767395.1 Pfam PF06964 Alpha-L-AF_C Domain 465 646 2.5e-27 96.8 Alpha-L-arabinofuranosidase C-terminal domain
XP_057767396.1 Pfam PF22848 ASD1_dom Domain 250 451 2.5e-54 184.8 Alpha-L-arabinofuranosidase 1 domain
XP_057767396.1 Pfam PF06964 Alpha-L-AF_C Domain 465 646 2.5e-27 96.8 Alpha-L-arabinofuranosidase C-terminal domain
XP_057767397.1 Pfam PF22848 ASD1_dom Domain 250 451 2.5e-54 184.8 Alpha-L-arabinofuranosidase 1 domain
XP_057767397.1 Pfam PF06964 Alpha-L-AF_C Domain 465 646 2.5e-27 96.8 Alpha-L-arabinofuranosidase C-terminal domain
XP_057767398.1 Pfam PF22848 ASD1_dom Domain 250 451 2.5e-54 184.8 Alpha-L-arabinofuranosidase 1 domain
XP_057767398.1 Pfam PF06964 Alpha-L-AF_C Domain 465 646 2.5e-27 96.8 Alpha-L-arabinofuranosidase C-terminal domain
XP_057767399.1 Pfam PF22848 ASD1_dom Domain 250 451 2.5e-54 184.8 Alpha-L-arabinofuranosidase 1 domain
XP_057767399.1 Pfam PF06964 Alpha-L-AF_C Domain 465 646 2.5e-27 96.8 Alpha-L-arabinofuranosidase C-terminal domain
XP_057767400.1 Pfam PF22848 ASD1_dom Domain 250 451 2.5e-54 184.8 Alpha-L-arabinofuranosidase 1 domain
XP_057767400.1 Pfam PF06964 Alpha-L-AF_C Domain 465 646 2.5e-27 96.8 Alpha-L-arabinofuranosidase C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911415.1
GTTTCCAAACTACTGCTGCTTCAAGCAAAGATAACTAAGATCAAGCTGCCATTATTTATATTCTTAACAATCAAAACACACACTAGAAGACACTGAAATATCTGAGGAAACAGTTATAACCGAAATGACATTCCAACTTTGATACAGTTTTCTACTCCATGAACAGAACCCACAAATAAAGATTTAATTTTTCTGGATGATCAGCCTCGTGCAGGGATAAGCCACAGAATCCATCGAGCAAGAGACATGGAGCCAAAATA...
XM_057911416.1
GTTTCCAAACTACTGCTGCTTCAAGCAAAGATAACTAAGATCAAGCTGCCATTATTTATATTCTTAACAATCAAAACACACACTAGAAGACACTGAAATATCTGAGGAAACAGTTATAACCGAAATGACATTCCAACTTTGATACAGTTTTCTACTCCATGAACAGAACCCACAAATAAAGATTTAATTTTTCTGGATGATCAGGGATAAGCCACAGAATCCATCGAGCAAGAGACATGGAGCCAAAATATGCAGCTTGT...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130987757
ATGGAGCCAAAATATGCAGCTTGTGTAGTACTGGCTTTCTCTCTCATGATCATCACCATCCACTACCTCCAGCCTAATGGAGCTGTAACCGATGCAACGCAGACAGCATCGTTGTCTCTAAATGCTTCTCAGTATCCCGCGAAGAAGATTTCTCAGAGTATGTTTGGAATATCGTTTGAGGAGATCAACCATTCGGGGGCCGGAGGGCTGTGGGCAGAGCTTGTCAGTAACCGAGGTTTTGAAGCTGGAGGTCCGAATAC...
LOC130987757
ATGGAGCCAAAATATGCAGCTTGTGTAGTACTGGCTTTCTCTCTCATGATCATCACCATCCACTACCTCCAGCCTAATGGAGCTGTAACCGATGCAACGCAGACAGCATCGTTGTCTCTAAATGCTTCTCAGTATCCCGCGAAGAAGATTTCTCAGAGTATGTTTGGAATATCGTTTGAGGAGATCAACCATTCGGGGGCCGGAGGGCTGTGGGCAGAGCTTGTCAGTAACCGAGGTTTTGAAGCTGGAGGTCCGAATAC...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057767395.1
MEPKYAACVVLAFSLMIITIHYLQPNGAVTDATQTASLSLNASQYPAKKISQSMFGISFEEINHSGAGGLWAELVSNRGFEAGGPNTPSNISPWTIIGNETSILVSTDRSSCFDRNKVALQMEVLCDIDGENICPAGGVGVYNPGYWGMNIEQGKSYRVVFFIRSLQPVEMSVSFIGSKQQKLATSDIKDDGVENWKKVEMVLEAYGSDANSRLQLTTSKRSTIWLDQVSALPLDTHNGHGFRQDLFDMLAALKPGFIRF...
XP_057767396.1
MEPKYAACVVLAFSLMIITIHYLQPNGAVTDATQTASLSLNASQYPAKKISQSMFGISFEEINHSGAGGLWAELVSNRGFEAGGPNTPSNISPWTIIGNETSILVSTDRSSCFDRNKVALQMEVLCDIDGENICPAGGVGVYNPGYWGMNIEQGKSYRVVFFIRSLQPVEMSVSFIGSKQQKLATSDIKDDGVENWKKVEMVLEAYGSDANSRLQLTTSKRSTIWLDQVSALPLDTHNGHGFRQDLFDMLAALKPGFIRF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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