Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000224`

染色体: Chr06 坐标: 1499006-2050248 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000224`
名称	SmilChr06G000224
描述	uncharacterized SmilChr06G000224
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	1499006 - 2050248 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987821`
GeneID	`130987821`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987821`
原始查询	`SmilChr06G000224`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os01g0121000; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os01g0121000; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT1G18290` (AT1G18290) DUF4228 domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838409] identity=35.7; qcov=1.07; evalue=1.99e-23; confidence=medium
Rice	`Os01g0121000` - identity=38.2; qcov=1.1; evalue=5.45e-26; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF14009 (PADRE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987821

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057767496.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057767496.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057767496.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057767496.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057767496.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:1499412`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B109,B23,B53
`Chr6:1499492`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C54,C87
`Chr6:1499526`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B49
`Chr6:1499609`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	6	A18,B16,B8,B88,C22,C67
`Chr6:1499631`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C37
`Chr6:1499651`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr6:1499691`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C37
`Chr6:1499718`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	10	A14,B103,B107,B119,B8,B9,C13,C43,C65,C70

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767496.1

173 aa

173

PADRE

PF14009 PADRE 1-168 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767496.1`	Pfam	`PF14009`	PADRE	Domain	1	168	1.5e-32	114.2	PADRE domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911513.1
TTTCTAAAAGTAACAAAAAAATTATTCTTTATTCACCTTTTCATTTTCTCACGTATCACACTTAACACACAAAATATCAATTTCTTAATTCCCGTGCCGAAAAGAACTTGGTCTTACTTCATGGGATGGAGCAAATACATGTAAAATCCAATACAAAATCATCATAACTATCAAAAACCCTTATATATAAACACCCCTTCCTCCTCTCCCCCTCCTTCCCTCTCTTCTCCAACCCCTCACTCCCAAAAAAAAACAACAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987821
ATGGGCAATGTAGCAATGTGTGCTCCTTCAATCATCTCGAGCAATGAAGTAAAGATCCTGTGCAGCGACGGCAGATTGCTGGTGTACACGAGGTCATCGGCCATGAAAGCAGCAGAGATCATGCTGGAGTTTCCCGGGCAGTTCCTGTGCGAATCCGGTCAGCTGAAGGTCGGGCAGCGAGTCCCCGGCGTCCGCGCCGAGGAGGAGCTGGAGAGCGGGCAGGTGTACTTCCTCCTGCCCATGGAGATGCTCTACTCCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057767496.1
MGNVAMCAPSIISSNEVKILCSDGRLLVYTRSSAMKAAEIMLEFPGQFLCESGQLKVGQRVPGVRAEEELESGQVYFLLPMEMLYSVLTDEELKFLTHKTAKGMKHAAAAAAASLNFSKIFPEFNCLFPNGSDASGVEEDGGDADSLQQVGRFARQRSWQPALETIVETPPHS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器