Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000226`

染色体: Chr06 坐标: 1508789-1515265 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000226`
名称	SmilChr06G000226
描述	uncharacterized SmilChr06G000226
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	1508789 - 1515265 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987783`
GeneID	`130987783`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987783`
原始查询	`SmilChr06G000226`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Outer arm dynein light chain 1 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841275]; symbol=AT1G48540; hit=AT1G48540; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Outer arm dynein light chain 1 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841275]; symbol=AT1G48540; hit=AT1G48540; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G48540` (AT1G48540) Outer arm dynein light chain 1 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841275] identity=52.34; qcov=0.81; evalue=0.0; confidence=high
Rice	`Os03g0221800` - identity=52.35; qcov=0.804; evalue=0.0; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0005737 (cytoplasm)
KEGG	-
Pfam	PF12799 (LRR_4); PF13855 (LRR_8)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987783

打开注释模块

非零投票定位候选（最多五项）

Rank	定位位置	中文	五折投票比例	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057767440.1`
2	Trans-golgi network	Trans-golgi network	0.40000	`XP_057767440.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057767440.1`
4	Cytoskeleton	细胞骨架	0.20000	`XP_057767440.1`
5	Phragmoplast	Phragmoplast	0.20000	`XP_057767440.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:1509320`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A23,B138
`Chr6:1510033`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A15,B126
`Chr6:1510091`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60
`Chr6:1511217`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr6:1511969`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B118
`Chr6:1512066`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:1512192`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C5
`Chr6:1512388`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B24
`Chr6:1512388`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr6:1512600`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr6:1512683`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B118
`Chr6:1512686`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B28,B3,B37,C6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767440.1

772 aa

386

772

LRR_4

LRR_8

PF12799 LRR_4 193-232 aa PF13855 LRR_8 239-295 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767440.1`	Pfam	`PF12799`	LRR_4	Repeat	193	232	1.5e-12	48.0	Leucine Rich repeats (2 copies)
`XP_057767440.1`	Pfam	`PF13855`	LRR_8	Repeat	239	295	2.9e-09	37.3	Leucine rich repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA

XR_009089853.1
ACGTGTCCCTTTCATCTTCCCCATTAGTCTACTCTAACTCCAATCATTAACCCCTTACCCCCGTCTCCACCACCCCCCCACAAAATCAATCAATCATGAAACCCCCCATTTTCACACACAACACACAGTAGCCATGGCTCTCTCCTCTATTCCGTCGATCCCGCCCAAACCCCCCTTCCCGCACCCAATTTAACATTCCAAAATTCTCTAACCCTAGTTAAACGCCATGGCGATCGTTACCGGCGATAGGTATCTCGAAT...

XR_009089851.1
GTCTCCACCACCCCCCCACAAAATCAATCAATCATGAAACCCCCCATTTTCACACACAACACACAGTAGCCATGGCTCTCTCCTCTATTCCGTCGATCCCGCCCAAACCCCCCTTCCCGCACCCAATTTAACATTCCAAAATTCTCTAACCCTAGTTAAACGCCATGGCGATCGTTACCGGCGATAGGTATCTCGAATCACTCGTGAAATTCGTCGAAAATCAGGCGGAGAAATTGATAGAAGGCACTCTGGTGTTGAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987783
ATGGCGATCGTTACCGGCGATAGGTATCTCGAATCACTCGTGAAATTCGTCGAAAATCAGGCGGAGAAATTGATAGAAGGCACTCTGGTGTTGAAATTGAATCCGGTGGGTTTGCGTTACGTGCAATCGAGGCTTGAGGCACTGGGGGAGCTGGAGAGCTTGTTGGCCGGAGCTCCCGTCGATTATCTGCGCGCGTATGTGTCGGATTTGGGCGACCACCGCGCGCTCGAGCAGTTGCGGAGAATTCTTCGCCTGCTTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057767440.1
MAIVTGDRYLESLVKFVENQAEKLIEGTLVLKLNPVGLRYVQSRLEALGELESLLAGAPVDYLRAYVSDLGDHRALEQLRRILRLLPSLKVVSLLPPLRRDPTPLFLLPFGSLKVLELRGCDLSKSAAKGLLELRFTLEKLICHNSTDALRHIFASRIADIKDSPQWNRLSFVSCACNDLILMDESLQLLPLVETLDLSRNKFTKVDNLRKCNKLKHVDLGFNNLRSIASLSEVRCQIVKLVLRNNALTSLHGIENLKSL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器