当前解析结果
SmilChr06G000233| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000233 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000233 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G000233 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 1560577 - 1562761 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130987829 |
|---|---|
| GeneID | 130987829 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130987829 |
| 原始查询 | SmilChr06G000233 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os09g0473966; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os09g0473966; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT5G60840 (AT5G60840)uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836205] identity=41.9; qcov=0.681; evalue=6.48e-10; confidence=low |
| Rice | Os09g0473966- identity=36; qcov=0.945; evalue=1.38e-11; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130987829 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057767511.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057767511.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057767511.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057767511.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057767511.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:1561125 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 145 | A1,A10,A11,A15,A18,A21,A24,A3,A6,A7,A8,B10,B100,B105,B106,B107,B108,B11,B110,B113,B114,B115,B118,B12,B120,B122,B126,B128,B130,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B140,B15,B18,B2,B20,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B29,B31,B32,B33,B34,B36,B38,B42,B43,B44,B46,B47,B5,B50,B51,B52,B55,B56,B58,B60,B61,B67,B68,B69,B71,B73,B75,B77,B8,B80,B82,B83,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B94,B99,C1,C10,C12,C13,C14,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C23,C24,C27,C29,C30,C31,C32,C36,C39,C4,C40,C42,C45,C47,C48,C49,C5,C54,C55,C56,C57,C59,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C68,C72,C74,C75,C81,C82,C83,C84,C86,C87,D10,D11,D2,D4 |
Chr6:1561173 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C18,C37,D7 |
Chr6:1561200 |
GGC |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C24 |
Chr6:1561200 |
GGC |
G |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | C24 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。