Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000265`

染色体: Chr06 坐标: 1795068-1797510 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000265`
名称	SmilChr06G000265
描述	protein VACUOLELESS GAMETOPHYTES-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	1795068 - 1797510 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990042`
GeneID	`130990042`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990042`
原始查询	`SmilChr06G000265`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein VACUOLELESS GAMETOPHYTES-like
产物	protein VACUOLELESS GAMETOPHYTES-like
Arabidopsis	`AT5G01480` (AT5G01480) Cysteine/Histidine-rich C1 domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831674] identity=30.5; qcov=0.905; evalue=8.15e-20; confidence=low
Rice	`Os07g0610200` - identity=30.5; qcov=0.727; evalue=8.17e-09; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03107 (C1_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990042

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057770226.1`
2	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057770226.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057770226.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770226.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057770226.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:1795123`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A3
`Chr6:1796684`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B42,B43,B86
`Chr6:1796849`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr6:1796945`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B101,B140,B16,C51,D4
`Chr6:1796951`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B35,B69
`Chr6:1796982`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B101,B16,C51,D4
`Chr6:1797025`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B103,C83
`Chr6:1797206`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C9
`Chr6:1797206`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C9
`Chr6:1797269`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A23,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770226.1

275 aa

138

275

C1_2

PF03107 C1_2 75-128 aa PF03107 C1_2 146-188 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770226.1`	Pfam	`PF03107`	C1_2	Domain	75	128	2.4e-25	89.3	C1 domain
`XP_057770226.1`	Pfam	`PF03107`	C1_2	Domain	146	188	2.4e-25	89.3	C1 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914243.1
TTGATTAGAATTCTTTAGTTTTTGAAGATACTATTAGATTTCAAAACTCACTCGTGGAAGAAAAGTTGCCAGTTACCTTTTTTTTTTCTTTGTTTGTTATGGTTGTTCCGTTTTAATAAGATGTAAGAATTGTATATGTACGCATTAATACTTATTGTTAAGAGAGAAAGAAAGCAGGGATGGATGATGAGGAGATTATTCCTCACATGTTTCATGAACACCCGCTGAGCCTGATCCCCAACCTGGCCGCGGAAACTTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990042
ATGGATGATGAGGAGATTATTCCTCACATGTTTCATGAACACCCGCTGAGCCTGATCCCCAACCTGGCCGCGGAAACTTGTTATTCTTGGAACAATTGGTGTTATGGTTGTTTCAGATTTTTTTTACCAGGAGAGGCAGCCTATGGATGCAGCCAAAAGTGTGGATTTCGTGATCTATTCCACAAAGATTGCATGGAAATGCCGAGAGAGATTCGCCATCACCTCCATCCTTCACACTCACTCACACTCACATTCACACT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770226.1
MDDEEIIPHMFHEHPLSLIPNLAAETCYSWNNWCYGCFRFFLPGEAAYGCSQKCGFRDLFHKDCMEMPREIRHHLHPSHSLTLTFTLTQEHDSPYIFISSCAVCEAVMRGMYYECSGGCDWWIHLGCAGGFDEVVVDDNPTMKHTSHPQHHLKFSKKAILCCDACGATHKGKSYICTVCDYWIHERCALLPVSAHFPHHRPDHSLSLAFHIPYQYILYKLVCAICSGALPLRRWVYHCHLCNYVVHTNCAFRSPSNASNN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器