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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000267

染色体: Chr06 坐标: 1810106-1812695 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000267
名称SmilChr06G000267
描述mitochondrial pyruvate carrier 1-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向1810106 - 1812695 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987823
GeneID130987823
locus_tag-
NCBI NameLOC130987823
原始查询SmilChr06G000267

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述mitochondrial pyruvate carrier 1-like
产物mitochondrial pyruvate carrier 1-like
ArabidopsisAT5G20090 (AT5G20090)
Uncharacterized protein family (UPF0041) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832131]
identity=88.1; qcov=0.953; evalue=1.34e-67; confidence=high
RiceOs09g0373000
-
identity=86.5; qcov=0.981; evalue=3.06e-67; confidence=high
GOGO:0005743 (mitochondrial inner membrane); GO:0006850 (pyruvate import into mitochondria)
KEGG-
PfamPF03650 (MPC)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987823

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057767498.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057767498.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 1.00000 XP_057767499.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767498.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767498.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:1810262 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B102,B107,B30
Chr6:1810431 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 2 B111,B129
Chr6:1810431 TG T 1bp_deletion CDS_variant 2 B111,B129
Chr6:1810782 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B113,B120
Chr6:1810783 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111
Chr6:1810813 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B45
Chr6:1810841 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr6:1810849 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr6:1811508 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:1811519 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,B103,B77
Chr6:1811556 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 2 C39,C87
Chr6:1811556 CA C 1bp_deletion CDS_variant 2 C39,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767498.1
160 aa
N
1
80
160
MPC
C
PF03650 MPC 56-153 aa
XP_057767499.1
121 aa
N
1
60
121
MPC
C
PF03650 MPC 17-114 aa
XP_057767500.1
106 aa
N
1
53
106
MPC
C
PF03650 MPC 3-99 aa
XP_057767501.1
106 aa
N
1
53
106
MPC
C
PF03650 MPC 3-99 aa
XP_057767502.1
106 aa
N
1
53
106
MPC
C
PF03650 MPC 3-99 aa
XP_057767503.1
106 aa
N
1
53
106
MPC
C
PF03650 MPC 3-99 aa
XP_057767504.1
106 aa
N
1
53
106
MPC
C
PF03650 MPC 3-99 aa
XP_057767505.1
106 aa
N
1
53
106
MPC
C
PF03650 MPC 3-99 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767498.1 Pfam PF03650 MPC Repeat 56 153 3.2e-37 128.1 Mitochondrial pyruvate carriers
XP_057767499.1 Pfam PF03650 MPC Repeat 17 114 1.5e-37 129.2 Mitochondrial pyruvate carriers
XP_057767500.1 Pfam PF03650 MPC Repeat 3 99 1.3e-37 129.4 Mitochondrial pyruvate carriers
XP_057767501.1 Pfam PF03650 MPC Repeat 3 99 1.3e-37 129.4 Mitochondrial pyruvate carriers
XP_057767502.1 Pfam PF03650 MPC Repeat 3 99 1.3e-37 129.4 Mitochondrial pyruvate carriers
XP_057767503.1 Pfam PF03650 MPC Repeat 3 99 1.3e-37 129.4 Mitochondrial pyruvate carriers
XP_057767504.1 Pfam PF03650 MPC Repeat 3 99 1.3e-37 129.4 Mitochondrial pyruvate carriers
XP_057767505.1 Pfam PF03650 MPC Repeat 3 99 1.3e-37 129.4 Mitochondrial pyruvate carriers

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911517.1
TACAATGTCGAGATCTAGTAATTTACTATCTTTATTATCTTCCCTCAGAAACAAATCTAGTAGTACTAATTTATAATGTCGCCACCACTTTAGTAGCTGAAGCAGCTCTCTGACCCGTTTCGCGCACAACACAGTGACTGAAAATCTGCGCCAAGATTTGCCAATTCTCTCATCTATGGCTTCGTTCAAGGCGTTTCTGAACAGTCCCGTTGGTCCCAAAACAACTCACTTTTGGGGCCCGATAGCTAACTGGGGTTTCG...
XM_057911515.1
AAACAAATCTAGTAGTACTAATTTATAATGTCGCCACCACTTTAGTAGCTGAAGCAGCTCTCTGACCCGTTTCGCGCACAACACAGTGACTGAAAATCTGCGCCAAGGATAATTTCCATGTGTAACCTCTCAAGGTGAAGGCATCATATTTCAGCTCGTACTAGAACAAGTTAATGCATACAAATATATGAATTGTGTGATTAATTTACCCTTAGCTTTTACTGATGTTGGAAAGCACTATTTCGGATGGAGAAAGCCAA...

CDS

8 records

下载 CDS FASTA
LOC130987823
ATGAGGTTGAACCATGGAAGATTTGATTTGCCAATTCTCTCATCTATGGCTTCGTTCAAGGCGTTTCTGAACAGTCCCGTTGGTCCCAAAACAACTCACTTTTGGGGCCCGATAGCTAACTGGGGTTTCGTTGTTGCTGGATTGGTGGACATGAAGAAACCTCCGGAAATGATATCTGGCAACATGACTGCAGCGATGTGTGTATATTCTGGGCTGTTCATGAGGTTTGCTTGGATGGTTCAGCCCCGTAACTACCTGCT...
LOC130987823
ATGTGCAGTTTTGGATTTAACATCTTGATTCTTCATACATATGCAAAGGAATTTGGATATTTGGTTGCTTTTTCGTCTTTGAAGTGCGAGCTTAGTGCTTTAACTGGGATTTCAGCCTTCTGTCTTCACATTTGGCAATTTTATTTGCCAATTCTCTCATCTATGGCTTCGTTCAAGGCGTTTCTGAACAGTCCCGTTGGTCCCAAAACAACTCACTTTTGGGGCCCGATAGCTAACTGGGGTTTCGTTGTTGCTGGATT...

Protein

8 records

下载 Protein FASTA
XP_057767498.1
MCSFGFNILILHTYAKEFGYLVAFSSLKCELSALTGISAFCLHIWQFYLPILSSMASFKAFLNSPVGPKTTHFWGPIANWGFVVAGLVDMKKPPEMISGNMTAAMCVYSGLFMRFAWMVQPRNYLLLACHASNETVQLYQLSRWAKAQGYLKAKKETAPQ
XP_057767499.1
MRLNHGRFDLPILSSMASFKAFLNSPVGPKTTHFWGPIANWGFVVAGLVDMKKPPEMISGNMTAAMCVYSGLFMRFAWMVQPRNYLLLACHASNETVQLYQLSRWAKAQGYLKAKKETAPQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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